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lmzxcom1

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[求助] 新手求助有關(guān)RMSD,RMSF等計(jì)算

新手....新的一塌糊涂
手里有一個(gè)原始酶，我定點(diǎn)突變之后，很多性質(zhì)改變了
現(xiàn)在需要分析原因！
第一步，我通過(guò)sybyl模建了2個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)的pdb，打分還行，58
第二部，我考慮計(jì)算兩個(gè)結(jié)構(gòu)的RMSD,RMSF,SASA等，用來(lái)評(píng)估整體的性質(zhì)和一些關(guān)鍵區(qū)域的性質(zhì)
問(wèn)題來(lái)了，怎么獲得RMSD,RMSF,SASA？
看了一些帖子，先要跑一個(gè)MD，然后計(jì)算這些值。有2個(gè)問(wèn)題：
1、跑多少ns合適？用什么軟件跑，目前有amber7
2、計(jì)算RMSD,RMSF,SASA的時(shí)候，需要計(jì)算全部原子，因?yàn)閮蓚€(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的差異之后一兩個(gè)側(cè)鏈不同
謝謝各位

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1樓 2012-08-17 15:22:04

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4樓: Originally posted by leewz922 at 2012-08-18 09:14:06
我覺(jué)得模建后分子模擬分析的數(shù)據(jù)是有說(shuō)服力的，對(duì)結(jié)果分析和解釋的到位，而且與你的實(shí)驗(yàn)結(jié)果結(jié)合能講成一個(gè)完整的故事，我想SCI不難。個(gè)人意見(jiàn)

這位仁兄可有雜志推薦，我個(gè)人是為了文章而文章的，不要笑話才是

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5樓2012-08-18 09:38:28

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+5, 鼓勵(lì)交流 2012-08-17 16:41:20

1、我想先跑10~30ns，你可以先跑10ns,計(jì)算RMSD看看蛋白的結(jié)構(gòu)變化是不是穩(wěn)定了，AMBER7 is OK 。
2、我想可以先計(jì)算骨架的RMSD,RMSF（這些原子是一樣的）。另外你突變后雖然有些殘基變化了，你對(duì)所有原子的RMSD進(jìn)行比較也是有意義的。

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2樓2012-08-17 16:39:51

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引用回帖:

2樓: Originally posted by leewz922 at 2012-08-17 16:39:51
1、我想先跑10~30ns，你可以先跑10ns,計(jì)算RMSD看看蛋白的結(jié)構(gòu)變化是不是穩(wěn)定了，AMBER7 is OK 。
2、我想可以先計(jì)算骨架的RMSD,RMSF（這些原子是一樣的）。另外你突變后雖然有些殘基變化了，你對(duì)所有原子的RMSD進(jìn)行 ...

還想到一個(gè)問(wèn)題，如果我僅有一個(gè)模建的構(gòu)象，是不是這些數(shù)據(jù)就沒(méi)有說(shuō)服力了呢，那也很難發(fā)出來(lái)SCI了

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3樓2012-08-17 16:56:07

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【答案】應(yīng)助回帖

★
chaizhm: 金幣+1, 很有道理關(guān)鍵是后續(xù)數(shù)據(jù)分析 2012-08-19 12:09:54

我覺(jué)得模建后分子模擬分析的數(shù)據(jù)是有說(shuō)服力的，對(duì)結(jié)果分析和解釋的到位，而且與你的實(shí)驗(yàn)結(jié)果結(jié)合能講成一個(gè)完整的故事，我想SCI不難。個(gè)人意見(jiàn)

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4樓2012-08-18 09:14:06

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