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ChemiAndy木蟲 (正式寫手)
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安裝貼：Ubuntu 12.04(64) 并行編譯CPMD3.15.3 已有4人參與
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最近幫一個(gè)朋友在一臺(tái)HPZ810工作站上的Ubuntu.12.04_64 下使用gcc/gfortran 4.4 + openmpi + atlas/fftw3并行編譯CPMD3.15.3 成功�？偨Y(jié)如下。 【摘要】首先把Ubuntu12.04默認(rèn)的gcc4.6降到gcc4.4; 安裝atlas/fftw數(shù)學(xué)庫; 安裝openmpi; 用“LINUX-x86_64-FEDORA-MPI” 配置Makefile文件，然后編譯即可;可以用dev-test-suite來測試可靠度和效率。 一般來說intel 編譯器生成的可執(zhí)行文件效率要高，為什么不用intel ifort編譯呢？一是因?yàn)樵赨buntu下安裝intel compiler+openmpi比較費(fèi)勁，容易出錯(cuò)；另外一個(gè)原因是官方CPMD maillist已經(jīng)明確說了，測試表明cpmd的執(zhí)行效率與編譯器關(guān)系不大，與數(shù)學(xué)庫的關(guān)系最大。而atlas庫是最佳選擇之一。 來源：http://www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2012-January/005343.html 1. 把Ubuntu12.04默認(rèn)的gcc4.6降到gcc4.4 為什么要降？請看: http://www.cnblogs.com/tnxk/archive/2012/07/07/2580731.html 如果gcc -v 和gfortran -v顯示4.4.x即可。 2. 安裝atlas/fftw數(shù)學(xué)庫 看看是不是安裝在了/usr/lib/atlas-base/atlas下，ls一下看看。 如果是就好；如果不在這里，看看是否在 /usr/lib64/atlas下，或者其它地方。 記住這個(gè)庫的位置，待會(huì)修改Makefile，你懂的。 3. 安裝openmpi 4. 開始編譯CPMD 首先到src目錄下，然后： 然后修改Makefile，把a(bǔ)tlas庫的位置添加到其中的LFLAGS中。最后的文件配置部分如下： 其中CPPFLAGS中，-DPARALLEL說明要并行，-DPOINTER8表64位，-D__GNU表要用gcc/gfortran，-DFFT_FFTW表要用FFTW優(yōu)化的快速傅立葉變換庫。 然后開始make。不同機(jī)型測試表明上述過程work perfectly. 5. 測試 去官網(wǎng)下載 dev-test-suite.tar.gz 然后解壓到任一目錄，會(huì)生成 個(gè)Test_Suite文件夾，然后你在Test_Suite同級(jí)目錄新建兩個(gè)文件夾： mkdir COMPILE mkdir SOURCE 然后把編譯好的cpmd.x復(fù)制到SOURCE文件夾里 然后cd Test_Suite bash CPMD_Test_Suite.sh -WFO -mpicmd "mpirun -np 8" 做并行測試 WFO是Test_Suite下的一個(gè)文件夾 你還可以測試GO, BO, CP, VIB, PI 如果bash CPMD_Test_Suite.sh -ALL -mpicmd "mpirun -np 8"就是全部測試 測試會(huì)有3種情況： PASSED, FAILED， CRASHED FAILED的話看看 Test_Suite/TS.OUT/Errors.log下，是怎么回事，它一般比較Compare the total energy, final electronic gradients and energy componentsfor a wavefunction optimization using ODIIS with vanderbilt PPS for BLYP functional。比如，總能量的偏差： 因?yàn)?1au (Ryd) = 13.6 eV = 313.76 kcal/mol 而1e-6 au ～ 0.0003kcal/mol，所以這種偏差可以忽略不計(jì)，這種FAILED也不用太在意。 如果是CRASH的，說明編譯的可執(zhí)行文件不支持某種計(jì)算，比如QMMM計(jì)算，或者matadynamics，或者編譯失敗。 ChemiAndy@百度空間：一花一世界 2012 Montreal. [ Last edited by ChemiAndy on 2012-8-28 at 20:25 ] CPMD 3.17.1 新版更新與與ubuntu + gcc4.6 + openmpi并行編譯 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6321940 CPMD 4.1并行編譯（Ubuntu 14.04/GCC4.6/fftw3） http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2137 |
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