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ChemiAndy

木蟲 (正式寫手)

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[交流] 安裝貼：Ubuntu 12.04(64) 并行編譯CPMD3.15.3 已有4人參與

最近幫一個(gè)朋友在一臺(tái)HPZ810工作站上的Ubuntu.12.04_64 下使用gcc/gfortran 4.4 + openmpi + atlas/fftw3并行編譯CPMD3.15.3 成功。總結(jié)如下。

【摘要】首先把Ubuntu12.04默認(rèn)的gcc4.6降到gcc4.4; 安裝atlas/fftw數(shù)學(xué)庫; 安裝openmpi; 用“LINUX-x86_64-FEDORA-MPI” 配置Makefile文件，然后編譯即可;可以用dev-test-suite來測(cè)試可靠度和效率。

一般來說intel 編譯器生成的可執(zhí)行文件效率要高，為什么不用intel ifort編譯呢？一是因?yàn)樵赨buntu下安裝intel compiler+openmpi比較費(fèi)勁，容易出錯(cuò)；另外一個(gè)原因是官方CPMD maillist已經(jīng)明確說了，測(cè)試表明cpmd的執(zhí)行效率與編譯器關(guān)系不大，與數(shù)學(xué)庫的關(guān)系最大。而atlas庫是最佳選擇之一。
來源：http://www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2012-January/005343.html

1. 把Ubuntu12.04默認(rèn)的gcc4.6降到gcc4.4
為什么要降？請(qǐng)看: http://www.cnblogs.com/tnxk/archive/2012/07/07/2580731.html

CODE:

sudo apt-get install build-essential gfortran  

//install gcc/gfortran, but v4.6 is the default as installed.

// then install v4.4

sudo apt-get install gcc-4.4 g++-4.4 g++-4.4-multilib gcc-4.4-multilib  gfortran-4.4 gfortran-4.4-multilib

//and set v4.4 as default (改優(yōu)先級(jí))

sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.4 100 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.6 50 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.4 100 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.6 50 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/cpp cpp-bin /usr/bin/cpp-4.4 100 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/cpp cpp-bin /usr/bin/cpp-4.6 50

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-4.4 100 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-4.6 50

如果gcc -v 和gfortran -v顯示4.4.x即可。

2. 安裝atlas/fftw數(shù)學(xué)庫

CODE:

sudo apt-get install libatlas-base-dev libatlas3gf-base 

看看是不是安裝在了/usr/lib/atlas-base/atlas下，ls一下看看。

CODE:

$ ls/usr/lib/atlas-base/atlas

libblas.a   libblas.so.3gf    liblapack.a   liblapack.so.3gf

libblas.so  libblas.so.3gf.0  liblapack.so  liblapack.so.3gf.0

如果是就好；如果不在這里，看看是否在 /usr/lib64/atlas下，或者其它地方。
記住這個(gè)庫的位置，待會(huì)修改Makefile，你懂的。

3. 安裝openmpi

CODE:

sudo apt-get install openmpi-common openmpi-bin openmpi-default-dev openmpi-default-bin

4. 開始編譯CPMD

首先到src目錄下，然后：

CODE:

./mkconfig.sh LINUX-x86_64-FEDORA-MPI > Makefile

然后修改Makefile，把a(bǔ)tlas庫的位置添加到其中的LFLAGS中。最后的文件配置部分如下：

CODE:

DEST = .

BIN  = .

FFLAGS = -c  -O2 -fcray-pointer

LFLAGS = -L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas -lfftw

CFLAGS = -c -O2 -Wall

CPP = /lib/cpp -P -C -traditional

CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -D__GNU -DFFT_FFTW -DPARALLEL -DMYRINET -DPOINTER8

NOOPT_FLAG =

CC = mpicc

FC = mpif77

LD = mpif77

AR = ar

其中CPPFLAGS中，-DPARALLEL說明要并行，-DPOINTER8表64位，-D__GNU表要用gcc/gfortran，-DFFT_FFTW表要用FFTW優(yōu)化的快速傅立葉變換庫。

然后開始make。不同機(jī)型測(cè)試表明上述過程work perfectly.

5. 測(cè)試

去官網(wǎng)下載 dev-test-suite.tar.gz

然后解壓到任一目錄，會(huì)生成
個(gè)Test_Suite文件夾，然后你在Test_Suite同級(jí)目錄新建兩個(gè)文件夾：
mkdir COMPILE
mkdir SOURCE
然后把編譯好的cpmd.x復(fù)制到SOURCE文件夾里
然后cd Test_Suite
bash CPMD_Test_Suite.sh -WFO -mpicmd "mpirun -np 8"
做并行測(cè)試
WFO是Test_Suite下的一個(gè)文件夾
你還可以測(cè)試GO, BO, CP, VIB, PI
如果bash CPMD_Test_Suite.sh -ALL -mpicmd "mpirun -np 8"就是全部測(cè)試

測(cè)試會(huì)有3種情況： PASSED, FAILED， CRASHED

FAILED的話看看 Test_Suite/TS.OUT/Errors.log下，是怎么回事，它一般比較Compare the total energy, final electronic gradients and energy componentsfor a wavefunction optimization using ODIIS with vanderbilt PPS for BLYP functional。比如，總能量的偏差：

CODE:

mean difference (stddev)         :   1.1900e-06 (  1.1900e-06)

mean relative difference (stddev):   1.5064e-07 (  1.5064e-07)

因?yàn)?1au (Ryd) = 13.6 eV = 313.76 kcal/mol
而1e-6 au ～ 0.0003kcal/mol，所以這種偏差可以忽略不計(jì)，這種FAILED也不用太在意。

如果是CRASH的，說明編譯的可執(zhí)行文件不支持某種計(jì)算，比如QMMM計(jì)算，或者matadynamics，或者編譯失敗。

ChemiAndy@百度空間：一花一世界 2012 Montreal.

[ Last edited by ChemiAndy on 2012-8-28 at 20:25 ]

CPMD 3.17.1 新版更新與與ubuntu + gcc4.6 + openmpi并行編譯
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6321940

CPMD 4.1并行編譯（Ubuntu 14.04/GCC4.6/fftw3）
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2137

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1樓 2012-08-29 10:58:31

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hyudlut

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xufund

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