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[求助]
散金20求幫忙設(shè)計(jì)兼并引物
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有哪位蟲友會(huì)用CODEHOP和iCODEHOP設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，散金20求幫助幫忙設(shè)計(jì)幾對(duì)引物。（自己之前試著設(shè)計(jì)了一下，效果都不好），所以想請(qǐng)教高手。 我需要克隆一個(gè)酰胺酶，目前知道能催化我的底物的菌種的酰胺酶有兩種（下述A,B），但導(dǎo)師讓我做的菌種中有該酶的活性，但是這種菌的全基因組不知道，與A，B的同源性相差甚遠(yuǎn)。以下C,D,E,F,G••••••是我根據(jù)A為模版blast后的酰胺酶序列，從中挑選的與我手中的菌都屬于同一綱的菌，同源性從高到低排列的，但和A的相似性很低。 http://www.kazusa.or.jp/codon/cg ... robacterium&c=s是我所要從中克隆的菌種的密碼子偏好性表。 下面我把這些菌的酰胺酶基因上傳上去，能否花費(fèi)您寫時(shí)間幫我看看，因?yàn)橹霸O(shè)計(jì)了幾次，效果不是很好。 >A: 1 mgiklptled lreiskqfnl dledeelksf lqllklqles yerldslpdy tprvkyqrtl 61 grppmkeenp ygalvwitsi kgkeegklkg kricikdnvm iagipmlngs kmlegfvphm 121 datvvsrild eageivaktt cedlcfsggs htsypwpvln prnpeymagg sssgsavava 181 sgycdmavgg dqggsirips swvgiyglkp thglvpytga fsieptldhl gpmantvkdv 241 allleviagr deldsrqpds lppppvkpys klidgdvkdm kvgivkegfn wsnsekdvde 301 lvldsakkle dygikvedts iplhrmgldi wtpiaiegat atmilgsgvg wgrkglfetq 361 iadffgnslk srardlpntv kgvlmlgylm ikmynnryya karnlsivlk eaydsalrky 421 dalimpttpm kamryksepg fdeyfimalg minntapfdv tghpamnipv gysnglpvgl 481 miigrhfeed kvlklanvfe rikk >B: 1 mtvvlptpaq lldvakqcgl sltdadvasf rglmqgsida ynlvgampde lpevkyprtp 61 gyrpspeenp rnawyrkstv kgaasgklkg ktvalkdnim lagvpmmngs atlegyvpdf 121 dativtrmld agaeiagkvh cesfcmsggs htgavgavhn phkmgysagg sssgsgvvva 181 lgevdmaigg dqggsirmps sfcgtygmkp twglvpytgi mpieifvdht gpmtatvadn 241 alllevlagd dgydprikap kveeytkalg qgvkgmkigi lkegfeqpta eaavnesvre 301 aakrfkdlga tvetvsipmh mvgpaiwtpi gtegmtqtmm ygdgyglsrs dlystslmdf 361 hrgwrrqads lsettklfll lgtyinnsfg pryygkalni srrltaaydk afgeydllll 421 pttpmkatkl peptasredy varalemian tapfdithhp aislpcgmvd glpvglmlvg 481 rmfeestiyr aahafeqigd wkkm >C: 1 msiqppdlaa fakaavdgel gikesdlaay haaaegllgs wrtveelyse iapiapkrsw 61 srpaagdngl gawsvqtqlq evssgplagr tvvikdnvsv agvpmmngsr tlegfvpsed 121 atvvtrllga gativgkavc edlcfsggsh tskpgpvrnp wnhahasggs ssgsgalvaa 181 gevdmaiggd qggsiripaa fcgvvghkpt hglvpytggf pieqsidhlg pitrtvtdaa 241 lmlsviagrd ekdprqpdri dpvdyvaalg esakglrvgv vtegfgrens epevddtvrs 301 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avkdntavag vpmmngsaal egfipdtdat 121 iisrmlaaga tiagkavced lcfsgashts atgpvrnpwd ptrtsggsss gsaalvaagi 181 vdiatggdqg gsvrlpaaft givghkpthg lvpytgafpi eqtldhlgpm trtvadaall 241 lgvlagrdgl dprqptrvav pdyvaelkrp vagmrvgvlc egfghpeavp gvddavrrav 301 dvlraqgmqc envsipwhrh grkiwdviav egattqmvdg naygmnwqga ydpalieffg 361 srrqadgtll pdtvklvllt grhtirrhhg ahyakarnlv prlraaydda lsrfdvlvmp 421 ttplvatpip esdaprdeyl aralemmant agldvsghpa csvpaglvdg lptgmmivgr 481 hfddatvlrv ahayeeatgg flpakvsap >K: 1 mvrvpdpgrl veiarssfgl rlgeeearsf aglmeasias yrrldqlaep slpvkyprtg 61 grrpepeenp lnawyyrcsi kgagegplag krvavkdnva vagvpmmngs atlegyvpef 121 dativtrild aggeisgkav cehlcfsggs htsdtgpvln phdrtrsagg sssgsaalva 181 agevemaigg dqggsirips cwcgtyglkp tyglvpytgv fpieltldhv gpiaasvsdv 241 alllsaiage dgldprqrev rvgdyqnale rgvegvrigv vaegfslpsl seedvdetvr 301 raadtfrelg aevqevsipl hrdgihiwna iaiegatelm vrgngmgtnw eghystslld 361 aywrgrtala gelsetvklt mltgqymrea yggryyarar nlarrlraay daaleradll 421 lmptlpmkat 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4樓2012-09-03 11:52:14
mgangle
鐵桿木蟲 (著名寫手)
樂(lè)樂(lè)家族-----樂(lè)顛顛
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【答案】應(yīng)助回帖
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小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-09-03 14:09:52
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... 886&strand=true 建議你從mRNA序列直接找好了，通過(guò)密碼子偏好找，不如直接找mRNA編碼序列來(lái)的容易。上面鏈接是我從NCBI上找到了，A菌的mRNA序列。你先參考一下！ |
2樓2012-09-02 17:16:11
bupashibai
銀蟲 (小有名氣)
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3樓2012-09-03 10:35:41
bupashibai
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5樓2012-09-03 15:59:53
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