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NBO分析
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| 我是新手，想請(qǐng)問(wèn)一下NBO分析中，一個(gè)含苯環(huán)的化學(xué)物，如果要計(jì)算苯環(huán)的電子數(shù)變化和電荷轉(zhuǎn)移，是不是把苯環(huán)上的六個(gè)碳原子的電子數(shù)加起來(lái)和未變化之前的電子數(shù)比較呢？謝謝 |
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sobereva
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2樓2012-09-03 01:08:36
lishijunzong
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gmy1990: 金幣+2 2012-09-03 19:41:37
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gmy1990: 金幣+2 2012-09-03 19:41:37
| “我還想問(wèn)一下如果比較兩個(gè)分子的電荷數(shù)，比如NBO分析后（加了溶劑模型）一個(gè)分子的電荷數(shù)是0.0083.另一個(gè)是0.00001，可以說(shuō)明前一個(gè)分子和和吸附劑形成的靜電作用強(qiáng)嗎？電荷數(shù)可以說(shuō)明什么問(wèn)題呢？”一個(gè)分子，它的電荷數(shù)不應(yīng)該是0嗎？如果想比較和吸附劑形成的靜電作用，我建議，分別做這兩個(gè)分子使用溶劑和不使用溶劑的NBO分析，然后將使用溶劑和不使用的電荷數(shù)的差值進(jìn)行比較。差值大，說(shuō)明靜電力強(qiáng)。 |
5樓2012-09-03 16:31:16
sobereva
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gmy1990: 金幣+3 2012-09-03 19:41:42
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gmy1990: 金幣+3 2012-09-03 19:41:42
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不能這么說(shuō)明靜電作用強(qiáng)弱。 如果你用的是隱式溶劑模型（PCM等），分子總電荷數(shù)的差異屬于數(shù)值精度問(wèn)題，沒(méi)有物理意義。對(duì)于中性分子，精確結(jié)果都應(yīng)當(dāng)為0。 就算用的是顯式溶劑模型，靠分子整體的凈電荷也幾乎沒(méi)法直接和靜電相互作用強(qiáng)度聯(lián)系起來(lái)。最粗糙的表示靜電相互作用強(qiáng)弱的方法是用原子電荷根據(jù)庫(kù)侖定律來(lái)算分子間靜電作用能。 如果想更精確一些描述這個(gè)問(wèn)題，可以做能量分解，比較其中靜電部分能量大小。 |
6樓2012-09-03 19:12:57
7樓2012-09-04 15:20:44
sobereva
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【答案】應(yīng)助回帖
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在量子化學(xué)的能量分解方法當(dāng)中（如SAPT、morokuma極其衍生方法等），沒(méi)有單獨(dú)的氫鍵能量，因?yàn)闅滏I只是化學(xué)上的人為概念。通常分解都是分為色散作用、靜電作用、軌道作用、交換互斥等項(xiàng)。一般的氫鍵是以靜電為主，色散和軌道作用為輔構(gòu)成的。通常的能量分解方法也只能將總相互作用能分解成上述項(xiàng)，而無(wú)法分離出局部區(qū)域間的相互作用。 為達(dá)到你的目的，如果精度要求不很高，可以用分子力場(chǎng)描述，將氫鍵涉及到的原子對(duì)兒之間的靜電項(xiàng)、色散項(xiàng)能量加和就可以算作是氫鍵能量。也有的力場(chǎng)，諸如charmm，專門有氫鍵項(xiàng)。 在量子化學(xué)級(jí)別，可以考慮AIM方法，氫鍵的鍵臨界點(diǎn)的一些性質(zhì)和氫鍵鍵能有相關(guān)性，參見(jiàn)Chemical Physics Letters 285, 170–173。也可以積分穿越氫鍵的感應(yīng)電流密度，可參見(jiàn)Phys. Chem. Chem. Phys., 2011, 13, 20500–20518，不過(guò)這個(gè)方法使用難度偏大。還有Mayer的能量分解可以得到每個(gè)原子對(duì)兒的相互作用能，如Phys. Chem. Chem. Phys., 2006, 8, 4630–4646，不過(guò)結(jié)果可靠性有待考量。對(duì)于其它沒(méi)法直接給出局部相互作用能量項(xiàng)的方法，比如前面提到的morokuma和SAPT，也可以只將分子局部結(jié)構(gòu)提取出來(lái)計(jì)算相互作用能。利用一些定域化軌道形式也能做到局部區(qū)域能量分解，但不流行。 |
8樓2012-09-04 23:28:13
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