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zhouzhiguang金蟲 (小有名氣)
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[求助]
DS中:小分子和蛋白質(zhì)中的金屬離子如何用QM/MM的方法進(jìn)行對接,進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬?
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老板說讓我用DS中的QM/MM的方法先將小分子和蛋白質(zhì)中的金屬酶進(jìn)行對接,再通過QM/MM的方法對對接好的pose進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算?這個(gè)要怎么操作的?等待高手的出現(xiàn)。萬分感激。 |

鐵桿木蟲 (正式寫手)
| 首先說明個(gè)問題。對接計(jì)算在DS中分為LibDock,F(xiàn)lexibleDock以及CDOCKER等。不存在樓主說的QM/MM計(jì)算方法的對接吧。QM/MM只是優(yōu)化計(jì)算方式的一種。通過DS自帶的對接程序?qū)拥玫降膒oses,然后選擇合理的進(jìn)行你想要的接下來的操作。新版DS中(好像是3.0以上的版本)應(yīng)該有個(gè)QM/MMMD模塊,專門用來做樓主所說的分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算的?梢詤⒄誅S里面自帶的教程進(jìn)行操作。 |

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