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zhouzhiguang金蟲 (小有名氣)
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[求助]
DS中：小分子和蛋白質(zhì)中的金屬離子如何用QM/MM的方法進(jìn)行對(duì)接，進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬？
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 老板說讓我用DS中的QM/MM的方法先將小分子和蛋白質(zhì)中的金屬酶進(jìn)行對(duì)接，再通過QM/MM的方法對(duì)對(duì)接好的pose進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算?這個(gè)要怎么操作的?等待高手的出現(xiàn)。萬分感激。 |
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wangyan10
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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zhouzhiguang: 金幣+5, ★★★很有幫助, 我要向你學(xué)習(xí)。 2012-09-16 00:01:42
chaizhm: 金幣+4, 謝謝~ 2012-09-17 09:23:23
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chaizhm: 金幣+4, 謝謝~ 2012-09-17 09:23:23
| 首先說明個(gè)問題。對(duì)接計(jì)算在DS中分為L(zhǎng)ibDock，F(xiàn)lexibleDock以及CDOCKER等。不存在樓主說的QM/MM計(jì)算方法的對(duì)接吧。QM/MM只是優(yōu)化計(jì)算方式的一種。通過DS自帶的對(duì)接程序?qū)拥玫降膒oses,然后選擇合理的進(jìn)行你想要的接下來的操作。新版DS中（好像是3.0以上的版本）應(yīng)該有個(gè)QM/MMMD模塊，專門用來做樓主所說的分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算的�？梢詤⒄誅S里面自帶的教程進(jìn)行操作。 |
2樓2012-09-14 20:31:32
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