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[求助]
各位大俠來幫忙，含金屬離子的蛋白質(zhì)進行分子動力學，怎么獲得金屬離子的參數(shù)信息啊
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剛剛接觸Amber，遇到一個問題： 需要對一個兩條鏈的蛋白質(zhì)進行MD，該蛋白質(zhì)中含有一個Ni離子（兩條鏈都與Ni存在螯合鍵）。在用Amber對其進行分子動力學時，需要定義這個Ni離子（不定義該離子的話，Amber會報錯）：也就是需要生成它的.lib文件，還有要建立它的.frcmod文件�，F(xiàn)在我在構(gòu)建.frcmod文件時遇到困難，我不知道NI的參數(shù)。  看教程里的例子，需要指出NI的MASS，Nonbond等信息。去哪查NI的參數(shù)信息啊。。。。Amber的數(shù)據(jù)庫里只有Fe,Zn,Mn的參數(shù)信息哪位大俠用Amber做過含有金屬離子的體系的MD啊，求幫助！如何獲得Amber的金屬離子參數(shù)??? |
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 amber |
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2樓2012-09-10 11:57:46
wangyan10
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-09-11 14:26:02
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-09-11 14:26:02
| 可以用GAUSSIAN來進行金屬離子的相關(guān)信息的計算。如鍵長，鍵角等。建議樓主在小木蟲論壇內(nèi)搜索一下，有個AMBER+GAUSSIAN一起做小分子力場的教程。寫的非常棒！http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985具體可以參看這個教程。 |
3樓2012-09-11 10:08:15
4樓2012-09-11 11:54:13
wangyan10
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5樓2012-09-11 14:45:03
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6樓2018-10-16 20:57:47
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