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[求助]
各位大俠來(lái)幫忙，含金屬離子的蛋白質(zhì)進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)，怎么獲得金屬離子的參數(shù)信息啊
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剛剛接觸Amber，遇到一個(gè)問(wèn)題： 需要對(duì)一個(gè)兩條鏈的蛋白質(zhì)進(jìn)行MD，該蛋白質(zhì)中含有一個(gè)Ni離子（兩條鏈都與Ni存在螯合鍵）。在用Amber對(duì)其進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)時(shí)，需要定義這個(gè)Ni離子（不定義該離子的話(huà)，Amber會(huì)報(bào)錯(cuò)）：也就是需要生成它的.lib文件，還有要建立它的.frcmod文件。現(xiàn)在我在構(gòu)建.frcmod文件時(shí)遇到困難，我不知道NI的參數(shù)。  看教程里的例子，需要指出NI的MASS，Nonbond等信息。去哪查NI的參數(shù)信息啊。。。。Amber的數(shù)據(jù)庫(kù)里只有Fe,Zn,Mn的參數(shù)信息哪位大俠用Amber做過(guò)含有金屬離子的體系的MD啊，求幫助！如何獲得Amber的金屬離子參數(shù)??? |
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 amber |
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4樓2012-09-11 11:54:13
b2bbb
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2樓2012-09-10 11:57:46
wangyan10
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-09-11 14:26:02
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| 可以用GAUSSIAN來(lái)進(jìn)行金屬離子的相關(guān)信息的計(jì)算。如鍵長(zhǎng)，鍵角等。建議樓主在小木蟲(chóng)論壇內(nèi)搜索一下，有個(gè)AMBER+GAUSSIAN一起做小分子力場(chǎng)的教程。寫(xiě)的非常棒！http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985具體可以參看這個(gè)教程。 |
3樓2012-09-11 10:08:15
wangyan10
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5樓2012-09-11 14:45:03
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