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淡藍(lán)幽香

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[求助] perl程序咨詢，有關(guān)pedigree信息分析的。

各位鄉(xiāng)親父老，小女又來(lái)啦~~~~

這次的input是：
#Fid Iid Pid Mid Sex Stat Geno
5    2908 0    0    1 3    A G T C G T
5    2108 6256 4532  2 1       G T C A T C
20 4556 2089 2935  1 2    T T G A C C
5    6256 2908 6266  1 1    A C C T T C
5    4561 1145 2108  2 1    C C T G A G
117 1123 0    2354  1 2    C C T G A C
基本上，從2908— 6256— 2108— 4561就是一個(gè)家族的四代人，這個(gè)就是我想找到的信息。從這個(gè)聯(lián)系來(lái)分析我的整個(gè)數(shù)據(jù)文件，有多少個(gè)家庭里有四代人的信息，有多少家族只有兩代人的信息，諸如此類。

現(xiàn)在我有的程序，已經(jīng)可以把每個(gè)相同家庭里的人，放在一個(gè)group里，接下來(lái)的分析，搞不懂了，特求助各位。

這里附上我的上半段程序：

CODE:

use warnings;

use strict;

open (FN, "file1") or die $!;

open(OUT,">file2")or die $!;

my %hash;

while (){

    chomp;

    if (/(\d+)\s([\d\w]+\s[\d\w]+\s[\d\w]+)/){

        push @{ $hash{$1} },$2;            ###This is to save multiple elements into a key.

       }

}

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1樓 2012-09-10 16:40:21

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繼續(xù)等

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2樓2012-09-11 15:53:23

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等不到有緣人啊~~~

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3樓2012-09-12 14:25:07

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繼續(xù)咯~~~

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4樓2012-09-13 14:58:39

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【答案】應(yīng)助回帖

若是單純想看看2、4代家系的個(gè)數(shù)信息，倒是有其他方法能得到。（比如：2代家系有N個(gè)）

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5樓2012-09-14 17:06:43

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引用回帖:

5樓: Originally posted by ch_sunshine at 2012-09-14 17:06:43
若是單純想看看2、4代家系的個(gè)數(shù)信息，倒是有其他方法能得到。（比如：2代家系有N個(gè)）

比如呢？

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6樓2012-09-14 19:46:55

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金幣+6, 應(yīng)助指數(shù)+1, 謝謝參與，鼓勵(lì)新蟲(chóng)發(fā)帖交流 2012-09-17 17:28:23

引用回帖:

6樓: Originally posted by 淡藍(lán)幽香 at 2012-09-14 19:46:55
比如呢？...

用MERLIN軟件關(guān)于ibd和kinship評(píng)估功能，可以根據(jù)你的.ped文件內(nèi)容分析出家系結(jié)構(gòu)（包括家系大小，世代數(shù)等一些信息）。你可以看一下官網(wǎng)http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Merlin/

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7樓2012-09-17 13:59:48

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7樓: Originally posted by ch_sunshine at 2012-09-17 13:59:48
用MERLIN軟件關(guān)于ibd和kinship評(píng)估功能，可以根據(jù)你的.ped文件內(nèi)容分析出家系結(jié)構(gòu)（包括家系大小，世代數(shù)等一些信息）。你可以看一下官網(wǎng)http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Merlin/...

多謝，我去試一下
對(duì)了，請(qǐng)問(wèn)怎么個(gè)你加分？

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8樓2012-09-18 16:10:03

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8樓: Originally posted by 淡藍(lán)幽香 at 2012-09-18 16:10:03
多謝，我去試一下
對(duì)了，請(qǐng)問(wèn)怎么個(gè)你加分？...

不知道我是剛申的這個(gè) 。希望能幫到你

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9樓2012-09-18 17:33:07

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引用回帖:

9樓: Originally posted by ch_sunshine at 2012-09-18 17:33:07

不知道我是剛申的這個(gè) 。希望能幫到你...

引用回帖:
8樓: Originally posted by 淡藍(lán)幽香 at 2012-09-18 16:10:03
多謝，我去試一下
對(duì)了，請(qǐng)問(wèn)怎么個(gè)你加分？...

不知道我是剛申的這個(gè) 。希望能幫到你

評(píng)分顯示：
當(dāng)前回帖不是應(yīng)助回帖，您不能對(duì)此進(jìn)行金幣獎(jiǎng)勵(lì)哦

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10樓2012-09-19 15:18:01

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