 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 893 | 回復(fù): 1 | ||
[求助]
modeller 模建，vmd查看，坐標(biāo)變化的問題
|
|
各位老師，師兄，師姐： 關(guān)于modeller的使用，有個(gè)問題向大家請(qǐng)教。 Modeler在模建好的結(jié)構(gòu)B，怎樣做才能與模板A的坐標(biāo)盡量重合？ 以1QGT.pdb為例，向大家請(qǐng)教這個(gè)問題： 1QGT.pdb的原始序列為： >1QGT:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV >1QGT:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV >1QGT:C|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV >1QGT  |PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV 在模建時(shí)我選用chain C為模板： MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPA SRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV 然后在chain C中的第86個(gè)氨基酸插入： LTNVRGDLQVLAQKAARPLPGGGRHKQKIVAPVKQSL 插入后的序列為： MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVLTNVRGDLQVLAQKAARPLPGGGRHKQKIVAPVKQSLNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV 下面就是使用了modeller進(jìn)行了同源模建： 選取1QGT chain C，1FOD chain 1 作為模板，模建后的pdb為model.pdb，我發(fā)現(xiàn)使用vmd對(duì)1QGT.pdb的chain C 及model.pdb進(jìn)行加載時(shí)，沒有自動(dòng)重合，而且模建后的model.pdb構(gòu)象發(fā)生了扭轉(zhuǎn)，說明模建后的結(jié)構(gòu)（model.pdb）的坐標(biāo)與1QGT.pdb的坐標(biāo)不一致了，當(dāng)然，手動(dòng)可以調(diào)節(jié)到盡量重合，我現(xiàn)在的問題是： 1. 怎樣讓模建后結(jié)構(gòu)的坐標(biāo)與1QGT.pdb chain C的坐標(biāo)盡量重合（自動(dòng)重合的腳本） 2. modeler有沒有這方面的功能（與1的目的一樣） 期待您的指點(diǎn) |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺(tái)，不對(duì)該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識(shí)產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對(duì)版權(quán)有異議，請(qǐng)聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 1QGT.pdb
- 附件 2 : model.pdb
2012-09-13 13:14:29, 421.69 K
2012-09-13 13:14:42, 113.3 K
» 猜你喜歡
328求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
340求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿南昌大學(xué)324求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑推薦 材料 304
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有19人回復(fù)
-
331環(huán)境科學(xué)與工程求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
315分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
295求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
2樓2012-09-13 16:44:39
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 nufang19a 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +5 | 宋明欣 2026-03-27 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +11 | 陽陽哇塞 2026-03-27 | 12/600 |
|
|
[考研] 0856調(diào)劑 +5 | 求求讓我有書讀?/a> 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 269專碩求調(diào)劑 +10 | 金恩貝 2026-03-21 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 305求調(diào)劑 +5 | 哇盧卡庫 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[材料工程] 一志愿C9材料與化工專業(yè)總分300求調(diào)劑 +7 | 曼111 2026-03-24 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 315調(diào)劑 +4 | 0860求調(diào)劑 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 336材料求調(diào)劑 +7 | 陳瀅瑩 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +4 | 柚柚yoyo 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +5 | 材料cailiao 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | 崔wj 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 總分322求生物學(xué)/生化與分子/生物信息學(xué)相關(guān)調(diào)劑 +5 | 星沉uu 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
 085602化學(xué)工程求調(diào)劑。
+4
|
平樂樂樂 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 334分 一志愿武理 材料求調(diào)劑 +4 | 李李不服輸 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工328分調(diào)劑 +6 | 。，。，。，。i 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 錦衣衛(wèi)藤椒 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 【2026考研調(diào)劑】制藥工程 284分 求相關(guān)專業(yè)調(diào)劑名額 +4 | 袁奐奐 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +3 | AZMK 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6 | 淼淼111 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +3 | HanBeiNingZC 2026-03-24 | 3/150 |
|