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[求助]
modeller 模建，vmd查看，坐標(biāo)變化的問題
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各位老師，師兄，師姐： 關(guān)于modeller的使用，有個(gè)問題向大家請(qǐng)教。 Modeler在模建好的結(jié)構(gòu)B，怎樣做才能與模板A的坐標(biāo)盡量重合？ 以1QGT.pdb為例，向大家請(qǐng)教這個(gè)問題： 1QGT.pdb的原始序列為： >1QGT:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV >1QGT:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV >1QGT:C|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV >1QGT  |PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV 在模建時(shí)我選用chain C為模板： MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPA SRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV 然后在chain C中的第86個(gè)氨基酸插入： LTNVRGDLQVLAQKAARPLPGGGRHKQKIVAPVKQSL 插入后的序列為： MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVLTNVRGDLQVLAQKAARPLPGGGRHKQKIVAPVKQSLNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV 下面就是使用了modeller進(jìn)行了同源模建： 選取1QGT chain C，1FOD chain 1 作為模板，模建后的pdb為model.pdb，我發(fā)現(xiàn)使用vmd對(duì)1QGT.pdb的chain C 及model.pdb進(jìn)行加載時(shí)，沒有自動(dòng)重合，而且模建后的model.pdb構(gòu)象發(fā)生了扭轉(zhuǎn)，說明模建后的結(jié)構(gòu)（model.pdb）的坐標(biāo)與1QGT.pdb的坐標(biāo)不一致了，當(dāng)然，手動(dòng)可以調(diào)節(jié)到盡量重合，我現(xiàn)在的問題是： 1. 怎樣讓模建后結(jié)構(gòu)的坐標(biāo)與1QGT.pdb chain C的坐標(biāo)盡量重合（自動(dòng)重合的腳本） 2. modeler有沒有這方面的功能（與1的目的一樣） 期待您的指點(diǎn) |
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- 附件 2 : model.pdb
2012-09-13 13:14:29, 421.69 K
2012-09-13 13:14:42, 113.3 K
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2樓2012-09-13 16:44:39
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