 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1253 | 回復: 2 | |||
鄧芳木蟲 (小有名氣)
木蟲
|
[求助]
動力學跑完后，大分子跑到盒子外面了
|
| 請教高手，我用gromacs做配體和蛋白的相互作用時，跑完5ns后，大分子跑到盒子外面了，這對結(jié)果會不會有影響？請教原因。 |
回復此樓» 猜你喜歡
285求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
【求調(diào)劑】085601材料工程專碩 | 總分272 |
已經(jīng)有4人回復
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復
-
083000學碩274求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
085701環(huán)境工程求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
070300求調(diào)劑306分
已經(jīng)有3人回復
-
266求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復
-
化學調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- discover模擬，分子跑到盒子外面怎么辦
已經(jīng)有5人回復
- 求助用MS模擬氣體在分子篩中擴散系數(shù)時碰到的問題
已經(jīng)有20人回復
- 我建的這個模型是不是周期性體系？
已經(jīng)有5人回復
- 【求助】蛋白質(zhì)大分子的動力學模擬
已經(jīng)有3人回復
- 【求助】MS中動力學之后水分子個數(shù)問題
已經(jīng)有5人回復
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
鄧芳: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2012-09-19 15:41:03
chaizhm: 金幣+4, 謝謝~ 2012-09-19 16:48:04
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
鄧芳: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2012-09-19 15:41:03
chaizhm: 金幣+4, 謝謝~ 2012-09-19 16:48:04
|
要是加了周期邊界的話，這種情況只是顯示的問題。 你要解決的話，可以嘗試對生成的trr文件進行如下處理： trjconv -f md.trr -s md.tpr -pbc mol -center -o md1.trr 然后在VMD分析時載入md1.trr即可 還有一點，看看自己設(shè)置的盒子邊界是多少？最好設(shè)成1.0以上 [ Last edited by zh1987hs on 2012-9-19 at 13:56 ] |
2樓2012-09-19 11:52:35
鄧芳
木蟲 (小有名氣)
木蟲
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1867.1
- 紅花: 2
- 帖子: 108
- 在線: 41.8小時
- 蟲號: 1499397
- 注冊: 2011-11-19
- 性別: MM
- 專業(yè): 化學計量學與化學信息學
3樓2012-09-19 15:41:37
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 鄧芳 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +12 | hhhhxn.. 2026-03-23 | 18/900 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +7 | 邱gl 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
[考研] 0856調(diào)劑 +5 | 求求讓我有書讀?/a> 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 339求調(diào)劑 +4 | 烤麥芽 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +10 | Micky11223 2026-03-25 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +6 | Ymlll 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +4 | wysyjs25 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京郵電大學 288分 材料考研 求調(diào)劑 +3 | jl0720 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學339材料與化工求調(diào)劑 +3 | 江往賣魚 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿上海交大生物與醫(yī)藥專碩324分，求調(diào)劑 +6 | jiajunX 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求調(diào)劑 +4 | 李李不服輸 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +4 | 汪！？！ 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 化學調(diào)劑 +6 | yzysaa 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 化工專碩求調(diào)劑 +3 | question挽風 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南航材料專317分求調(diào)劑 +5 | 炸呀炸呀炸薯條 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 277分求調(diào)劑，跨調(diào)材料 +3 | 考研調(diào)劑lxh 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 341求調(diào)劑(一志愿湖南大學070300) +5 | 番茄頭--- 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求助 +5 | 夢里的無言 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | .m.. 2026-03-21 | 4/200 |
|