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鄧芳木蟲 (小有名氣)
木蟲
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[求助]
動力學(xué)跑完后，大分子跑到盒子外面了
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| 請教高手，我用gromacs做配體和蛋白的相互作用時，跑完5ns后，大分子跑到盒子外面了，這對結(jié)果會不會有影響？請教原因。 |
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鄧芳
木蟲 (小有名氣)
木蟲
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- 專業(yè): 化學(xué)計量學(xué)與化學(xué)信息學(xué)
3樓2012-09-19 15:41:37
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
鄧芳: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2012-09-19 15:41:03
chaizhm: 金幣+4, 謝謝~ 2012-09-19 16:48:04
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chaizhm: 金幣+4, 謝謝~ 2012-09-19 16:48:04
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要是加了周期邊界的話，這種情況只是顯示的問題。 你要解決的話，可以嘗試對生成的trr文件進行如下處理： trjconv -f md.trr -s md.tpr -pbc mol -center -o md1.trr 然后在VMD分析時載入md1.trr即可 還有一點，看看自己設(shè)置的盒子邊界是多少？最好設(shè)成1.0以上 [ Last edited by zh1987hs on 2012-9-19 at 13:56 ] |
2樓2012-09-19 11:52:35
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