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wildbomb新蟲 (初入文壇)
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[求助]
在水中溶解Ca Zn離子
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由于是新手，剛剛接觸system set up，現(xiàn)在被幾個(gè)奇怪的問題困擾著： 我要在一個(gè)水箱中放入幾個(gè)特定坐標(biāo)的Zn Ca離子，坐標(biāo)已經(jīng)在pdb文件中有了，但是在用psfgen的時(shí)候report說cannot recognize ZN CA。當(dāng)我打開topology file的時(shí)候發(fā)現(xiàn)里面已經(jīng)有ZNatom申明了并且和我pdb文件中的相同。這是為什么��？ here is my script, package require psfgen topology top_all27_prot_lipid.inp segment B {pdb MTL.pdb} coordpdb MTL.pdb B writepdb MTL.pdb writepsf MTL.psf package require solvate solvate MTL.psf MTL.pdb -t 15 -o MTL_box package require autoionize autoionize -psf MTL_box.psf -pdb MTL_box.pdb -sc 0.1 –o MTL_ionized Need ur help please! |
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wildbomb
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 5
- 帖子: 2
- 在線: 36分鐘
- 蟲號: 1567534
- 注冊: 2012-01-07
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
2樓2012-09-27 23:27:10
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