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zhouzhiguang金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
QM/MM優(yōu)化后的模型跑MD,可行性如何？
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我用DS的minizaition（QM-MM)做了個(gè)優(yōu)化的模型，想要跑一下MD。大家認(rèn)為這樣做有可行性嗎？ 謝謝 |
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金蟲(chóng) (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-10-09 22:44:15
zhouzhiguang: 金幣+3, ★★★很有幫助 2012-10-09 23:06:31
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zhouzhiguang: 金幣+3, ★★★很有幫助 2012-10-09 23:06:31
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可以是可以，但是感覺(jué)意義不太大 雖然QM/MM可以得到稍微更合理一點(diǎn)的初始結(jié)構(gòu)，再用MD模擬所采用的電荷等參數(shù)還是來(lái)自于分子立場(chǎng)，也就是并不會(huì)像QM/MM中高層的區(qū)那樣電荷會(huì)隨結(jié)構(gòu)變化而變化。所以，我覺(jué)得結(jié)果應(yīng)該差不多。 如果對(duì)初始結(jié)構(gòu)要求很高的話，可以試試 |
2樓2012-10-09 21:49:07
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