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zhouzhiguang金蟲 (小有名氣)
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[求助]
QM/MM優(yōu)化后的模型跑MD,可行性如何？
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我用DS的minizaition（QM-MM)做了個優(yōu)化的模型，想要跑一下MD。大家認(rèn)為這樣做有可行性嗎？ 謝謝 |
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lujunyan1118
金蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-10-09 22:44:15
zhouzhiguang: 金幣+3, ★★★很有幫助 2012-10-09 23:06:31
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zhouzhiguang: 金幣+3, ★★★很有幫助 2012-10-09 23:06:31
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可以是可以，但是感覺意義不太大 雖然QM/MM可以得到稍微更合理一點(diǎn)的初始結(jié)構(gòu)，再用MD模擬所采用的電荷等參數(shù)還是來自于分子立場，也就是并不會像QM/MM中高層的區(qū)那樣電荷會隨結(jié)構(gòu)變化而變化。所以，我覺得結(jié)果應(yīng)該差不多。 如果對初始結(jié)構(gòu)要求很高的話，可以試試 |
2樓2012-10-09 21:49:07
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