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shuizhao木蟲 (著名寫手)
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[求助]
請(qǐng)教一個(gè)代謝組學(xué)SCI修回的問題~高手請(qǐng)進(jìn)
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最近有一篇文章修回，但是有一個(gè)問題思考很久實(shí)在想不出來是什么意思，麻煩大家看下哈~ 問題是：Page 9, first paragraph and figures 3 and 4: The authors do not give clear information whether the groups SND（這個(gè)是治療組） vs. hypothyroid group（這個(gè)是模型組） or vs. control group are statistically different. 第9頁(yè)的第一段我寫的就是關(guān)于代謝組學(xué)中正常組和模型組建立PLS-DA模型得分圖，載荷圖和S-plot的過程，圖3和圖4分別為在正離子和負(fù)離子模式下，正常組和模型組之間的得分圖，載荷圖和S-plot。我就不明白這個(gè)reviewer說的“statistically different"是什么意思了？是指PLS-DA的得分圖還能算出是否有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異嗎？才疏學(xué)淺望大家多多指教哈！ |
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利用PCA或PLS-DA等多變量統(tǒng)計(jì)方法，能夠從大量多維數(shù)據(jù)中尋找出貢獻(xiàn)于分類的主要差異成分。然而，采用載荷圖發(fā)現(xiàn)組間差異代謝物是較宏觀的方法，并不能判斷觀察到的差異是否具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（顯著性）。因此，有必要采用其他方法進(jìn)一步驗(yàn)證化學(xué)計(jì)量學(xué)研究結(jié)果，并確證差異的顯著性。 我在前期投稿的過程中也遇到你類似的情況，審稿人給的是大修，也提出了相似的問題，最后我采用了兩種方法來驗(yàn)證我的化學(xué)計(jì)量學(xué)結(jié)果： （1）對(duì)發(fā)現(xiàn)的marker進(jìn)行手動(dòng)積分，然后做組間方差分析，觀察載荷圖上得出的marker在組間的差異是否有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。當(dāng)然，我用的是NMR，和你的不一樣，你用的是MS吧，那你可以直接用載荷圖發(fā)現(xiàn)的marker的峰面積為數(shù)據(jù)做組間方差分析。 （2）采用HPLC方法對(duì)發(fā)現(xiàn)的marker進(jìn)行含量測(cè)定，然后再做組間方差分析。 最終我大修后，直接接受。 |
9樓2012-10-06 21:21:04
yqx1985
木蟲 (著名寫手)
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21樓2013-08-26 16:13:16
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
leecius: 金幣+1, 謝謝參與！ 2012-10-03 07:47:16
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| 注意PLS-DA根本不存在統(tǒng)計(jì)學(xué)意義上的p值，它的實(shí)質(zhì)是一個(gè)分類模型。從審稿人的意見看，你的模型可能并沒有好的分類效果，評(píng)價(jià)PLSDA模型的指標(biāo)其實(shí)有許多，除了樣本投影圖能肉眼識(shí)別分類效果外，主要還是由交叉驗(yàn)證得到的Q2Y及R2Y，這兩個(gè)指標(biāo)，另外還有ROC曲線下面積等。樓主只憑樣本投影圖來評(píng)估模型的分類性能是不夠的。 |
4樓2012-10-03 07:22:53
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2樓2012-10-02 22:31:49
shuizhao
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3樓2012-10-02 22:57:33
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你好！謝謝你的解答哈，但是我在原文中已經(jīng)對(duì)我的PLS-DA進(jìn)行了cross-validation,并且也已經(jīng)在Table中列出了Q2Y和R2Y了，我在附件里面上傳了我的fig3(正離子模式下的得分圖，loading plot和S-plot)，麻煩你能幫我看看嗎？我覺得已經(jīng)相對(duì)來說，正常組和模型組已經(jīng)分得比較開了。所以這樣我就不知道reviewer說的“statistically different"是什么意思了？請(qǐng)問你懂這個(gè)reviewer的意思嗎？謝謝了哈~ Fig 3.png |
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5樓2012-10-03 13:24:27
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7樓2012-10-04 09:57:23
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
shuizhao: 金幣+5, ★★★很有幫助, 好的，那謝謝你了哈 2012-10-05 21:13:31
shuizhao: 金幣+5, ★★★很有幫助, 好的，那謝謝你了哈 2012-10-05 21:13:31
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照樓主的數(shù)據(jù)應(yīng)該模型的分類性能是不錯(cuò)的，是能夠給出較好的分類結(jié)果的，reviewer的意見也只是一種參考，不一定都正確的，樓主只要解釋合理，應(yīng)該沒有問題，唯一不足的就是樓主的樣本量太少了，呵呵。至于“The authors do not give clear information whether the groups SND（這個(gè)是治療組） vs. hypothyroid group（這個(gè)是模型組） or vs. control group are statistically different.”很有可能這個(gè)reviewer錯(cuò)把B、C圖看成是樣本投影圖了吧，實(shí)在是沒有道理的，你的模型已經(jīng)相當(dāng)好了。 |
8樓2012-10-05 07:26:07
shuizhao
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10樓2012-10-07 21:15:42
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