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真菌ITS,query coverage只有200bp,怎么分析
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| 版上有沒有做真菌的蟲子,最近用引物 1406f 3126r擴增了土壤DNA. 得到了一系列真菌ITS. 其中,有的基本上和BLAST里面的ITS序列吻合. 不過有幾個OTU的query coverage只有200到300bp. 這種情況如何處理,是繼續(xù)提交NCBI,還是去其他數(shù)據(jù)庫檢查? 還是只提交這300bp呢? 如何鑒定這批真菌種屬? 感覺NCBI里的真菌ITS參考序列不是特別多,18S rRNA的參考序列多一些,導致我的ITS很多時候只能被18S rRNA hit,所以導致我的序列在數(shù)據(jù)庫里只有200到300bp的coverage? 求解,謝謝!! |
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