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真菌ITS,query coverage只有200bp,怎么分析
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| 版上有沒(méi)有做真菌的蟲(chóng)子,最近用引物 1406f 3126r擴(kuò)增了土壤DNA. 得到了一系列真菌ITS. 其中,有的基本上和BLAST里面的ITS序列吻合. 不過(guò)有幾個(gè)OTU的query coverage只有200到300bp. 這種情況如何處理,是繼續(xù)提交NCBI,還是去其他數(shù)據(jù)庫(kù)檢查? 還是只提交這300bp呢? 如何鑒定這批真菌種屬? 感覺(jué)NCBI里的真菌ITS參考序列不是特別多,18S rRNA的參考序列多一些,導(dǎo)致我的ITS很多時(shí)候只能被18S rRNA hit,所以導(dǎo)致我的序列在數(shù)據(jù)庫(kù)里只有200到300bp的coverage? 求解,謝謝!! |
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3樓2012-12-25 10:49:08
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