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lishijunzong

鐵桿木蟲 (正式寫手)

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3樓: Originally posted by sesy at 2012-10-11 14:31:55
是的，不知閣下用不用09？看看我的關(guān)鍵詞和計算公式對嗎？我就是按照這個關(guān)鍵詞這樣做的，我沒用過03，我優(yōu)化用的09，所以能量必須也得用09 ，不知這樣校正對不對？謝謝...

直接做出來的應(yīng)該是smd的能量需要加上ExternalIteration部分打印的文件靜電能這樣得到就是DELg

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11樓2012-10-11 21:25:49

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幸福男人

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sesy: 金幣+20, ★★★很有幫助, 非常感謝 2012-10-12 16:44:52

一、使用G09程序包，先用小基組b3lyp/6-31g(d)對構(gòu)型進行優(yōu)化和頻率分析，
輸入文件關(guān)鍵詞：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
輸出結(jié)果選用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy= (用A表示)

二、輸入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)
。
。
。
Radii=uaks （最后）

輸出結(jié)果選用的 DeltaG (solv) (kcal/mol) = -38.40 （用C表示）

最后自由能表示：自由能=自由能校正（A）+(C）

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sesy

12樓2012-10-12 07:50:36

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sesy: 金幣+5, ★有幫助 2012-10-14 15:27:55

溶劑化下的單點能就是輸出結(jié)果中的SCF Done: E(UB3LYP) = **********。另外基組要改善

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快樂吧

13樓2012-10-12 08:36:43

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引用回帖:

12樓: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-12 07:50:36
一、使用G09程序包，先用小基組b3lyp/6-31g(d)對構(gòu)型進行優(yōu)化和頻率分析，
輸入文件關(guān)鍵詞：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
輸出結(jié)果選用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy= (用A表示) ...

你好，我還是有一些問題不明白，看到一些小木蟲上的關(guān)于該問題的討論，scrf項目里還需要加 pcm ， ExternalIteration 關(guān)鍵詞，我們這個地方不需要再加入這兩個關(guān)鍵詞了么？剛開始用高斯09 不太明白，望見諒啊

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14樓2012-10-12 16:18:12

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sesy

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引用回帖:

你好，輸入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)
。
。
。
Radii=uaks
按照你的輸入文件計算了一下，沒有這一項 DeltaG (solv) (kcal/mol) =
只有SCF Done: E(UB3LYP) = 這一項的能量，輸出結(jié)果中的是不是應(yīng)該取這一項啊
自由能=自由能校正（A）+SCF Done: E(UB3LYP) 對不對啊？
麻煩了。。。最近寫文章比較著急。。。

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Fighting�。�！

15樓2012-10-12 16:42:46

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

15樓: Originally posted by sesy at 2012-10-12 16:42:46
你好，輸入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)
。
。
。
Radii=uaks
按照你的輸入文件計算了一下，沒有這一項 DeltaG (solv) (kcal/mol) =
只有SCF Done: E( ...

自由能=自由能校正（A）+SCF Done: E(UB3LYP)

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16樓2012-10-14 07:06:33

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14樓: Originally posted by luyating2005 at 2012-10-12 16:18:12
你好，我還是有一些問題不明白，看到一些小木蟲上的關(guān)于該問題的討論，scrf項目里還需要加 pcm ， ExternalIteration 關(guān)鍵詞，我們這個地方不需要再加入這兩個關(guān)鍵詞了么？剛開始用高斯09 不太明白，望見諒啊...

pcm和smd是兩個不同模型

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luyating2005

17樓2012-10-14 07:10:13

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送鮮花一朵

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17樓: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-14 07:10:13
pcm和smd是兩個不同模型...

謝謝你的回復，這也就是說這兩個關(guān)鍵詞不應(yīng)該同時使用對不對？

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18樓2012-10-14 08:39:14

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13樓: Originally posted by 飛行鳥 at 2012-10-12 08:36:43
溶劑化下的單點能就是輸出結(jié)果中的SCF Done: E(UB3LYP) = **********。另外基組要改善

你好能給我寫下你們計算溶劑化下的單點能的輸入文件嗎？多謝最近寫文章、本組新接觸09沒有指點的。郁悶ing

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Fighting�。。�

19樓2012-10-14 15:29:22

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17樓: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-14 07:10:13
pcm和smd是兩個不同模型...

我也對此有些疑問、、、閣下是不是用這種方法計算過？那我們這次的溶劑效應(yīng)是不是就是smd模型啊？為什么我按照這些關(guān)鍵詞算出來的，默認的模型顯示的是：PCM
確認清楚才放心投出文章去嘻嘻、還請賜教，耐心等待中。。。

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Fighting！��！

20樓2012-10-14 15:36:36

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