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dump 輸出原子名稱
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各位好： lammps定義原子時用數(shù)字1,2,3，導(dǎo)致在vmd中顯示的name也為1,2,3，請問怎么才能使lammps結(jié)果在vmd顯示的name為真實名字名稱N,H,O? 8660473.png |
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2樓2012-10-17 19:04:50
luxujie3
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3樓2012-10-18 16:37:51
blueybz
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4樓2012-10-25 02:42:58
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-10-25 09:23:05
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-10-25 09:23:05
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現(xiàn)成的沒有，不過思路簡單： 1、把lammps軌跡載入VMD 2、做循環(huán)，直到你的軌跡全部循環(huán)完畢 3、保存成PDB，或者XYZ 格式的文件，其中就有坐標(biāo)信息 去看看VMD所使用的幾個 tcl 命令 for set sel [atomselect top "your atoms that will be saved"] $sel writepdb yourfilename.pdb 或者直接輸出到另一個文件中 set outfile [open $yourfilename.dat w] $sel get {x y z} puts $outfile $sel 思路如此，去查手冊搞懂各個命令，完善此腳本即可。 |
5樓2012-10-25 07:51:29
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-10-25 19:09:03
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-10-25 19:09:03
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昨天正好研究了下這個。你可以看下 dump_modify �？梢允謩有薷牡�。dump custom 里面可以選擇輸出元素 element 。 不過不修改的話都是默認(rèn)的 C .(如dump 1 all custom 1 MCM.mol id x y z element )。而 dump_modify 可以修改。如有3種原子 Si O H， 可以寫 dump_modify 1 element Si O H . 不過這個會不會寫到自動生成的輸出格式我就沒試過了。另外補充一點， 自定義輸出的格式定義，實際除了 %d %g 也可以用 %s 就是用來處理個，如對應(yīng)上面那個dump 可以寫 dump_modify 1 format "%5d %9.5g %9.5g %10s"。 如果對文件格式比較熟的話，應(yīng)該可以用這個方法實現(xiàn)。 |
6樓2012-10-25 19:03:16
7樓2013-04-14 12:43:16
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