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wanglang1987銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
pymol
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| 在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)上面下載了一個(gè)PDB文件，用pymol怎么樣看蛋白質(zhì)的每個(gè)原子是什么？能在圖上標(biāo)出來(lái)嗎？另外，用什么軟件可以把二硫鍵標(biāo)出來(lái)？ |
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 pymol/VMD/Origin |
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koalabear8655
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2012-10-19 09:46:14
wanglang1987: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2012-10-19 15:51:15
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wanglang1987: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2012-10-19 15:51:15
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pymol常規(guī)使用會(huì)有兩個(gè)窗口，一個(gè)功能按鍵窗口，一個(gè)顯示窗口 1，你點(diǎn)你想要的原子，在上面的功能按鍵窗口就會(huì)顯示是什么原子了，也可以用select 命令查找你想要的原子。當(dāng)你選擇你要顯示原子名的原子后，在顯示窗口右邊，L下拉可以選擇按原子名顯示，按殘基顯示等。一個(gè)蛋白你要把原子都顯示就是亂七八糟一團(tuán)了。 2，pymol可以顯示二硫鍵，顯示窗口右邊 S下拉有個(gè)disulfides 里面可以按line sticks 和spheres顯示，你可以把整個(gè)蛋白用cartoon顯示，然后選擇二硫鍵用上述三種方式之一顯示。不過(guò)pymol里好像沒(méi)有什么label給二硫鍵，你不如截了圖用PS或者PPT神馬的自己標(biāo)上 |
2樓2012-10-19 09:43:25
wanglang1987
銅蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2012-10-19 11:10:45
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