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wanglang1987銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
pymol
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| 在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫上面下載了一個PDB文件，用pymol怎么樣看蛋白質(zhì)的每個原子是什么？能在圖上標(biāo)出來嗎？另外，用什么軟件可以把二硫鍵標(biāo)出來？ |
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pymol常規(guī)使用會有兩個窗口，一個功能按鍵窗口，一個顯示窗口 1，你點(diǎn)你想要的原子，在上面的功能按鍵窗口就會顯示是什么原子了，也可以用select 命令查找你想要的原子。當(dāng)你選擇你要顯示原子名的原子后，在顯示窗口右邊，L下拉可以選擇按原子名顯示，按殘基顯示等。一個蛋白你要把原子都顯示就是亂七八糟一團(tuán)了。 2，pymol可以顯示二硫鍵，顯示窗口右邊 S下拉有個disulfides 里面可以按line sticks 和spheres顯示，你可以把整個蛋白用cartoon顯示，然后選擇二硫鍵用上述三種方式之一顯示。不過pymol里好像沒有什么label給二硫鍵，你不如截了圖用PS或者PPT神馬的自己標(biāo)上 |
2樓2012-10-19 09:43:25
wanglang1987
銅蟲 (小有名氣)
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3樓2012-10-19 11:10:45
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