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xdr金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
有用lammps模擬過(guò)聚合物的相關(guān)性能嗎？
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各位蟲(chóng)友，有人用lammps做過(guò)聚合物的相關(guān)性能嗎？有幾個(gè)問(wèn)題請(qǐng)指教： 1.我在in里邊定義了一個(gè)group， region 1 block INF 2 INF INF INF INF units box group left region 1 在運(yùn)行之前，查看data文件，x坐標(biāo)小于2的atom有好多，但是，運(yùn)行的時(shí)候，log文件里顯示0 atoms in group left。（從log文件里看，在這條語(yǔ)句之前，沒(méi)有任何模擬的成分，只是讀取數(shù)據(jù)。） 我可以用其他方法定義group，但是我不懂為什么還沒(méi)有運(yùn)行，原子的坐標(biāo)就變化了。 2.在運(yùn)行的過(guò)程中，經(jīng)常會(huì)報(bào) warning：dihedral problem： 查過(guò)手冊(cè)，說(shuō)Conformation of the 4 listed dihedral atoms is extreme; you may want to check your simulation geometry。 四個(gè)原子，總有坐標(biāo)很大或者很小的，但是我不知道怎么才能避免這種情況，大家有沒(méi)有什么經(jīng)驗(yàn)，可以告訴我一下。 也許問(wèn)題很不上道，但是這個(gè)對(duì)我真的很困擾，希望得到你的幫助，先謝謝了！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-10-24 21:17:31
xdr: 金幣+2, ★有幫助, 謝謝啦，小小崇拜。 2012-10-25 11:02:43
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我再自賣(mài)自夸一下，看看這個(gè)http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3946850 遇到問(wèn)題，盡可能把你的問(wèn)題說(shuō)的詳細(xì)一些，把你的log文件，特別是最后的錯(cuò)誤提示貼出來(lái)，如果不涉及專(zhuān)業(yè)秘密的話，把你的整個(gè)in文件也列出來(lái)，這樣看的人就能更加全面準(zhǔn)確的去理解你的模擬。一般新手遇到的問(wèn)題，你前面的N各新手可能都遇到過(guò)，直接搜索這個(gè)錯(cuò)誤，也許很快就能找到解決的辦法。 |
5樓2012-10-24 20:18:09
xdr
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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- 蟲(chóng)號(hào): 714030
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2樓2012-10-24 19:47:50
chaizhm
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-10-24 20:13:50
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-10-24 20:14:55
xdr: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝，希望通過(guò)改結(jié)構(gòu)解決，力場(chǎng)對(duì)于目前的我來(lái)說(shuō)有點(diǎn)困難…… 2012-10-24 21:07:20
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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第二個(gè)問(wèn)題加周期性邊界條件了嗎？ 警告是說(shuō)二面角的問(wèn)題，二面角是有四個(gè)不共面的原子構(gòu)成的。我感覺(jué)是力場(chǎng)原則或者初始結(jié)構(gòu)選擇不恰當(dāng)造成的 第一個(gè)問(wèn)題還真不知道因?yàn)槲也挥胠ammps做計(jì)算 |
3樓2012-10-24 20:03:53
chaizhm
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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xdr4樓2012-10-24 20:05:54
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