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xdr金蟲 (正式寫手)
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[求助]
有用lammps模擬過聚合物的相關性能嗎？
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各位蟲友，有人用lammps做過聚合物的相關性能嗎？有幾個問題請指教： 1.我在in里邊定義了一個group， region 1 block INF 2 INF INF INF INF units box group left region 1 在運行之前，查看data文件，x坐標小于2的atom有好多，但是，運行的時候，log文件里顯示0 atoms in group left。（從log文件里看，在這條語句之前，沒有任何模擬的成分，只是讀取數(shù)據(jù)。） 我可以用其他方法定義group，但是我不懂為什么還沒有運行，原子的坐標就變化了。 2.在運行的過程中，經(jīng)常會報 warning：dihedral problem： 查過手冊，說Conformation of the 4 listed dihedral atoms is extreme; you may want to check your simulation geometry。 四個原子，總有坐標很大或者很小的，但是我不知道怎么才能避免這種情況，大家有沒有什么經(jīng)驗，可以告訴我一下。 也許問題很不上道，但是這個對我真的很困擾，希望得到你的幫助，先謝謝了！ |
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2樓2012-10-24 19:47:50
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第二個問題加周期性邊界條件了嗎？ 警告是說二面角的問題，二面角是有四個不共面的原子構成的。我感覺是力場原則或者初始結構選擇不恰當造成的 第一個問題還真不知道因為我不用lammps做計算 |
3樓2012-10-24 20:03:53
chaizhm
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xdr4樓2012-10-24 20:05:54
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我再自賣自夸一下，看看這個http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3946850 遇到問題，盡可能把你的問題說的詳細一些，把你的log文件，特別是最后的錯誤提示貼出來，如果不涉及專業(yè)秘密的話，把你的整個in文件也列出來，這樣看的人就能更加全面準確的去理解你的模擬。一般新手遇到的問題，你前面的N各新手可能都遇到過，直接搜索這個錯誤，也許很快就能找到解決的辦法。 |
5樓2012-10-24 20:18:09
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| 我是使用lammps的，模擬高聚物一般都需要經(jīng)過粗�；倪^程處理，且要找到合適的力場參數(shù)才能模擬得到比較理想的結果，看樓主的問題是說沒有運行就發(fā)生坐標改變肯定是沒有的事情我個人的經(jīng)驗就說明了，即使是使用的那個minimize命令初始構型的坐標也不會發(fā)生什么變化的。著說明一個問題是你定義group時候命令使用的不夠準確 |
10樓2012-10-25 07:58:55
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