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xdr金蟲 (正式寫手)
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[求助]
有用lammps模擬過聚合物的相關(guān)性能嗎？
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各位蟲友，有人用lammps做過聚合物的相關(guān)性能嗎？有幾個(gè)問題請指教： 1.我在in里邊定義了一個(gè)group， region 1 block INF 2 INF INF INF INF units box group left region 1 在運(yùn)行之前，查看data文件，x坐標(biāo)小于2的atom有好多，但是，運(yùn)行的時(shí)候，log文件里顯示0 atoms in group left。（從log文件里看，在這條語句之前，沒有任何模擬的成分，只是讀取數(shù)據(jù)。） 我可以用其他方法定義group，但是我不懂為什么還沒有運(yùn)行，原子的坐標(biāo)就變化了。 2.在運(yùn)行的過程中，經(jīng)常會(huì)報(bào) warning：dihedral problem： 查過手冊，說Conformation of the 4 listed dihedral atoms is extreme; you may want to check your simulation geometry。 四個(gè)原子，總有坐標(biāo)很大或者很小的，但是我不知道怎么才能避免這種情況，大家有沒有什么經(jīng)驗(yàn)，可以告訴我一下。 也許問題很不上道，但是這個(gè)對我真的很困擾，希望得到你的幫助，先謝謝了！ |
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xdr
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7樓2012-10-24 20:57:08
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2樓2012-10-24 19:47:50
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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xdr: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝，希望通過改結(jié)構(gòu)解決，力場對于目前的我來說有點(diǎn)困難…… 2012-10-24 21:07:20
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第二個(gè)問題加周期性邊界條件了嗎？ 警告是說二面角的問題，二面角是有四個(gè)不共面的原子構(gòu)成的。我感覺是力場原則或者初始結(jié)構(gòu)選擇不恰當(dāng)造成的 第一個(gè)問題還真不知道因?yàn)槲也挥胠ammps做計(jì)算 |
3樓2012-10-24 20:03:53
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xdr4樓2012-10-24 20:05:54
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