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怎么用DS尋找蛋白的結(jié)合位點(diǎn)或者是活性位點(diǎn)？
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| 如題，謝謝了。。 |
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2樓2012-10-30 14:41:54
wangyan10
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 36 (小學(xué)生)
- 金幣: 8272.5
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- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-11-30 09:25:09
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-11-30 09:25:09
| 利用DS中的對(duì)接模塊進(jìn)行對(duì)接研究時(shí)，活性位點(diǎn)的選擇，一般有這么幾種方法。首先就是完全靠DS軟件根據(jù)你要研究的化合物的性質(zhì)，有DS完成對(duì)活性位點(diǎn)的猜測(cè)，具體是怎么個(gè)過程，你可以好好看看DS尋找活性位點(diǎn)的說明書部分（find active site),這種操作之后，會(huì)得到很多組活性位點(diǎn)，然后結(jié)合你自己對(duì)這個(gè)化合物活性位點(diǎn)的理解（一般來源于對(duì)文獻(xiàn)的閱讀），選擇你想要的活性位點(diǎn)，進(jìn)行對(duì)接。第二種方法，就是你對(duì)要進(jìn)行對(duì)接的化合物有很深的了解，文獻(xiàn)中明確的指出，某個(gè)或者某幾個(gè)殘基，就是構(gòu)成活性位點(diǎn)的關(guān)鍵殘基。這樣，你就可以把這幾個(gè)氨基酸殘基選中，然后以它們?yōu)榛钚晕稽c(diǎn)，定義對(duì)接球，從而進(jìn)行下一步的對(duì)接計(jì)算。 |
3樓2012-10-30 16:17:22
4樓2012-11-29 16:59:09
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