 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2433 | 回復(fù): 5 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
[求助]
高斯輸出文件轉(zhuǎn)化為mol2文件時(shí)出現(xiàn)問題 -c resp 與 -c bcc
|
|||
|
將高斯輸出文件轉(zhuǎn)化為mol2文件時(shí)，使用命令如下 antechamber -i a.log -fi gout -o a.mol2 -fo mol2 -c resp 得到錯(cuò)誤提示 unit 10 Error on open: ANTECHAMBER.ESP unit 3 Error on open:qout cannot open charge file to read:QOUT ,exit 而使用-c bcc時(shí)候就沒有錯(cuò)誤提示。請(qǐng)問這是什么原因?qū)е碌�。兩種方法分別適合什么時(shí)候用呢 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 amber |
» 猜你喜歡
341求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語六級(jí)551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
070300化學(xué)319求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0703化學(xué)336分求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 注冊(cè)化工工程師須知
已經(jīng)有23人回復(fù)
|
高斯輸入文件不是antechamber 生成的，用gassianview生成的.gif文件。自己修改部分后，內(nèi)容如下 %chk=egcg.chk %nprocshared=8 %mem=8000MB # opt freq rb3lyp/6-31g egcg.mol2 0 1 C 0.18226000 1.41376000 -0.12743000 C 1.37057000 2.14000000 0.07324000請(qǐng)問：如果用antechamber生成.gjf的話，生成之后還需要修改哪里（就是你說的關(guān)鍵詞是哪個(gè)，難道改rb3lyp為HF嗎）才能保證-resp這個(gè)命令能成功運(yùn)行。 |
4樓2012-10-30 17:26:13
wangyan10
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 36 (小學(xué)生)
- 金幣: 8272.5
- 散金: 58
- 紅花: 4
- 帖子: 368
- 在線: 254.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 1089510
- 注冊(cè): 2010-09-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-10-30 08:54:55
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-10-30 08:54:55
| -c后面的bcc和resp是兩種不同的charge model。resp采用的方法是HF，而bcc采用AM1方法，這兩者是不同的。http://ambermd.org/tutorials/adv ... resp_paper_jacs.pdf 這是一篇介紹resp charge model的原始文獻(xiàn)，想了解的話可以看一下。至于哪種charge model適用于什么樣的體系，自己做科研去領(lǐng)悟吧！這個(gè)不是一會(huì)半會(huì)能說明白的問題。 |
2樓2012-10-29 20:03:15
lujunyan1118
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 1306.9
- 帖子: 73
- 在線: 20.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 871655
- 注冊(cè): 2009-10-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-10-30 08:55:05
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-10-30 08:55:05
|
你算高斯的文件使用antechamber生成的嗎？ resp擬合的時(shí)候需要用到高斯log文件里面寫的esp信息。要在gjf的頭上加特殊關(guān)鍵字。如果gjf文件使用antechamber生成的，應(yīng)該沒有問題 一般用amber力場的話就用resp電荷，amber立場參數(shù)是這么來的。 bcc我不怎么用，bcc要快一些，不需要高斯算�？赡茏鰧�(duì)接的時(shí)候，處理大批量小分子用用 |
3樓2012-10-29 20:05:05
lujunyan1118
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 1306.9
- 帖子: 73
- 在線: 20.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 871655
- 注冊(cè): 2009-10-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
5樓2012-10-30 19:51:42
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +4 | 大口吃飯 身體健 2026-03-13 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調(diào)劑 +4 | 慕寒mio 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 本人考085602 化學(xué)工程 專碩 +16 | 不知道叫什么！ 2026-03-15 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +6 | 世界首富 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京大學(xué)，080500材料科學(xué)與工程，調(diào)劑 +4 | Jy? 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 ，六級(jí)已過，有科研經(jīng)歷 +7 | 曦熙兮 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085600調(diào)劑 +5 | 漾漾123sun 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留 +8 | 秋有木北 2026-03-14 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料與化工一志愿南昌大學(xué)327求調(diào)劑推薦 +7 | Ncdx123456 2026-03-13 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 290分有科研經(jīng)歷，論文在投 +7 | 膩膩gk 2026-03-14 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求老師收留調(diào)劑 +4 | jiang姜66 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考博] 東華理工大學(xué)化材專業(yè)26屆碩士博士申請(qǐng) +6 | zlingli 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 308 085701 四六級(jí)已過求調(diào)劑 +7 | 溫喬喬喬喬 2026-03-12 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 材料工程調(diào)劑 +9 | 咪咪空空 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料/英一數(shù)二/總分289/已過A區(qū)線 +6 | 步川酷紫123 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 工科，求調(diào)劑 +3 | 我887 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +3 | miaodesi 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工085600調(diào)劑求老師收留 +9 | jiaanl 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0856化學(xué)工程280分求調(diào)劑 +4 | shenzxsn 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考博] 26讀博 +4 | Rui135246 2026-03-12 | 10/500 |
|