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高斯輸出文件轉(zhuǎn)化為mol2文件時(shí)出現(xiàn)問題 -c resp 與 -c bcc
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將高斯輸出文件轉(zhuǎn)化為mol2文件時(shí)，使用命令如下 antechamber -i a.log -fi gout -o a.mol2 -fo mol2 -c resp 得到錯(cuò)誤提示 unit 10 Error on open: ANTECHAMBER.ESP unit 3 Error on open:qout cannot open charge file to read:QOUT ,exit 而使用-c bcc時(shí)候就沒有錯(cuò)誤提示。請(qǐng)問這是什么原因?qū)е碌摹煞N方法分別適合什么時(shí)候用呢 |
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5樓2012-10-30 19:51:42
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| -c后面的bcc和resp是兩種不同的charge model。resp采用的方法是HF，而bcc采用AM1方法，這兩者是不同的。http://ambermd.org/tutorials/adv ... resp_paper_jacs.pdf 這是一篇介紹resp charge model的原始文獻(xiàn)，想了解的話可以看一下。至于哪種charge model適用于什么樣的體系，自己做科研去領(lǐng)悟吧！這個(gè)不是一會(huì)半會(huì)能說明白的問題。 |
2樓2012-10-29 20:03:15
lujunyan1118
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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你算高斯的文件使用antechamber生成的嗎？ resp擬合的時(shí)候需要用到高斯log文件里面寫的esp信息。要在gjf的頭上加特殊關(guān)鍵字。如果gjf文件使用antechamber生成的，應(yīng)該沒有問題 一般用amber力場(chǎng)的話就用resp電荷，amber立場(chǎng)參數(shù)是這么來的。 bcc我不怎么用，bcc要快一些，不需要高斯算�？赡茏鰧�(duì)接的時(shí)候，處理大批量小分子用用 |
3樓2012-10-29 20:05:05
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高斯輸入文件不是antechamber 生成的，用gassianview生成的.gif文件。自己修改部分后，內(nèi)容如下 %chk=egcg.chk %nprocshared=8 %mem=8000MB # opt freq rb3lyp/6-31g egcg.mol2 0 1 C 0.18226000 1.41376000 -0.12743000 C 1.37057000 2.14000000 0.07324000請(qǐng)問：如果用antechamber生成.gjf的話，生成之后還需要修改哪里（就是你說的關(guān)鍵詞是哪個(gè)，難道改rb3lyp為HF嗎）才能保證-resp這個(gè)命令能成功運(yùn)行。 |
4樓2012-10-30 17:26:13
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