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新手autodock中autogrid出現(xiàn)問題
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新手菜鳥一個, 正在自學(xué)簡單操作autodock. 從論壇中學(xué)習(xí)了很多, 謝謝大家了. 現(xiàn)在在autogrid運(yùn)行中出現(xiàn)了問題,請教前輩如何解決. 這是彈出的文本框中的最后幾行, 前面的太長就不帖了,如果需要我再帖吧. GPF> receptor_types A C HD K N NA OA SA Zn # receptor atom types autogrid4: ERROR: Unknown receptor type: "K" -- Add parameters for it to the parameter library first! autogrid4: ERROR: Unsuccessful completion. autogrid4: ERROR: Unknown receptor type: "K" -- Add parameters for it to the parameter library first! autogrid4: ERROR: Unsuccessful completion. 再帖一下配體的gpf文件 npts 60 60 60 # num.grid points in xyz gridfld lock.maps.fld # grid_data_file spacing 0.375 # spacing(A) receptor_types A C HD K N NA OA SA Zn # receptor atom types ligand_types A C F NA OA N SA # ligand atom types receptor lock.pdbqt # macromolecule gridcenter 19.225 77.594 37.998 # xyz-coordinates or auto smooth 0.5 # store minimum energy w/in rad(A) map lock.A.map # atom-specific affinity map map lock.C.map # atom-specific affinity map map lock.F.map # atom-specific affinity map map lock.NA.map # atom-specific affinity map map lock.OA.map # atom-specific affinity map map lock.N.map # atom-specific affinity map map lock.SA.map # atom-specific affinity map elecmap lock.e.map # electrostatic potential map dsolvmap lock.d.map # desolvation potential map dielectric -0.1465 # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant 此外還生成了lock.maps.fld和lock.maps.xyz兩個空文件 [ Last edited by kevinly123 on 2012-11-13 at 13:19 ] |
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9樓2012-11-15 17:38:48
houxuben
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-11-13 17:40:56
kevinly123: 金幣+20, ★★★很有幫助, 十分感謝您! 如果要加入?yún)?shù), 是哪些參數(shù)呢? 這是一個酶, ID是2VQJ. 我是完全新手,也無人教我, 如果您能告訴我怎么查參數(shù)的話是最好了. 2012-11-13 22:49:23
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-11-13 17:40:56
kevinly123: 金幣+20, ★★★很有幫助, 十分感謝您! 如果要加入?yún)?shù), 是哪些參數(shù)呢? 這是一個酶, ID是2VQJ. 我是完全新手,也無人教我, 如果您能告訴我怎么查參數(shù)的話是最好了. 2012-11-13 22:49:23
| receptor中有K離子，不識別，一種方法是刪掉它再做，還有就是在parameter中加入K的參數(shù)，具體參數(shù)我沒有，建議查文獻(xiàn)。 |
2樓2012-11-13 16:36:03
houxuben
木蟲 (正式寫手)
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kevinly123: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝! 2012-11-14 00:55:24
kevinly123: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 再次感謝. 我已經(jīng)按照您的方法解決了autogrid的問題. 現(xiàn)在我在autodock中發(fā)現(xiàn)點擊run autodock后新窗口出現(xiàn)以下語句"Running: autodock4 -p C:\My autodock\key.dpf"就一直沒反應(yīng)了, 我設(shè)置的GA run次數(shù)是50,不知您知道如何解決這個問題嗎? 2012-11-15 01:05:29
kevinly123: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝! 2012-11-14 00:55:24
kevinly123: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 再次感謝. 我已經(jīng)按照您的方法解決了autogrid的問題. 現(xiàn)在我在autodock中發(fā)現(xiàn)點擊run autodock后新窗口出現(xiàn)以下語句"Running: autodock4 -p C:\My autodock\key.dpf"就一直沒反應(yīng)了, 我設(shè)置的GA run次數(shù)是50,不知您知道如何解決這個問題嗎? 2012-11-15 01:05:29
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看了一下你的酶，K離子應(yīng)該是起穩(wěn)定構(gòu)象作用，離結(jié)合位點有一定距離，可以考慮刪掉。 具體怎么查參數(shù)，印象中有人做過AutoDock Zn離子的參數(shù)，可以搜一下，具體文獻(xiàn)也忘記了。 |
3樓2012-11-13 23:06:19
4樓2012-11-14 19:00:11
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