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13581286695銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Autodock蛋白處理時(shí)，保留在蛋白的原配體如何處理？ 已有4人參與
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| Autodock分子對(duì)接時(shí)，第一步，蛋白準(zhǔn)備，蛋白里是否有配體？是否需要提前取出來(lái)？新手，求大神指導(dǎo) ��？ |
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水兒CoCo
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2014-05-28 16:29:30, 952.93 K
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135812866959樓2014-05-28 16:31:40
2樓2014-05-27 19:28:02
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4樓2014-05-28 09:22:06
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| 有的蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)是有小分子配體的，有的是沒(méi)有的。對(duì)于已知的蛋白的活性位點(diǎn)尋找，一些文獻(xiàn)中可能會(huì)有介紹，告訴你那些氨基酸殘基是活性作用的關(guān)鍵氨基酸。最好的應(yīng)該是蛋白中有小分子配體，它所占據(jù)的腔一般就是活性位點(diǎn)腔，我們通常都是這樣處理的，但是也不敢保證你的分子就一定是結(jié)合在這個(gè)腔內(nèi)。分子對(duì)接嘛，其實(shí)就是一種手段而已，目前而言存在的缺陷還是很多的，比如對(duì)接的精度準(zhǔn)確度等等，因?yàn)樯锎蠓肿訉?shí)在是很復(fù)雜，生物體就更加復(fù)雜了。但是有時(shí)候分子對(duì)接可以用來(lái)解釋一些化合物的活性結(jié)果等�？傊�，雖然問(wèn)題很多，但是也可以作為輔助手段作為參考，聊勝于無(wú)~我也是新手，個(gè)人理解。 |
5樓2014-05-28 09:39:04
水兒CoCo
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7樓2014-05-28 14:55:52
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8樓2014-05-28 15:48:21
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10樓2014-05-29 09:23:27
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