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yqx1985木蟲 (著名寫手)
云中仙
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[交流]
如何多配體對(duì)接多蛋白？ 已有4人參與
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各位老鳥好，我沒搞過分子對(duì)接，可能問題對(duì)你們來說會(huì)比較幼稚。 我現(xiàn)在手里有兩個(gè)數(shù)據(jù)庫，即配體數(shù)據(jù)庫和受體數(shù)據(jù)庫，我想知道： 1. 有什么軟件可以對(duì)這兩個(gè)庫進(jìn)行對(duì)接？ 即依次將配體數(shù)據(jù)庫中的配體與受體數(shù)據(jù)庫中的每個(gè)受體進(jìn)行對(duì)接，最好是批處理的形式。 如果不能實(shí)現(xiàn)上面的話，一個(gè)配體與多個(gè)受體對(duì)接也行，不知這樣能實(shí)現(xiàn)不？ 2. 我想要的對(duì)接結(jié)果是在無水環(huán)境中的，而不是溶液中的，這個(gè)可以實(shí)現(xiàn)不？ 我不太清楚現(xiàn)在的對(duì)接方法是否會(huì)有媒介環(huán)境的限制，不過我需要的是看配體與受體在無水環(huán)境下的對(duì)接效果。 |
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2樓2013-07-02 08:49:46
yqx1985
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3樓2013-07-02 09:15:51
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1.最方便的辦法是寫個(gè)腳本，自動(dòng)做對(duì)接。這樣的話GOLD，autodock或者dock都可以。如果不想寫腳本，DiscoveryStudio可以做，PipelinePilot也可以，不過要學(xué)起來估計(jì)比寫腳本還麻煩 2.不知道你說的無水是什么含義。你把晶體結(jié)構(gòu)中所有水都刪去就可以了。但是很多對(duì)接的打分函數(shù)中間都隱式考慮了溶劑化效應(yīng)。而且完全無水真空的情況下蛋白質(zhì)小分子也都不穩(wěn)定啊。 |
4樓2013-07-02 12:06:58
yqx1985
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5樓2013-07-02 12:40:02
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6樓2017-02-19 14:35:23
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7樓2017-02-19 14:35:52
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用過sybyl做對(duì)接，曾經(jīng)和你一樣想兩個(gè)數(shù)據(jù)庫做對(duì)接，后來發(fā)現(xiàn)sybyl做不出來，不知道其他能不能。然后一個(gè)對(duì)多個(gè)做出來了！ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
8樓2017-02-22 15:11:12
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