 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (3403)
- >導(dǎo)師招生 (405)
- >考研 (278)
- >文獻(xiàn)求助 (117)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (113)
- >休閑灌水 (107)
- >考博 (91)
- >基金申請(qǐng) (49)
- >碩博家園 (31)
- >招聘信息布告欄 (26)
- >綠色求助(高懸賞) (24)
- >論文投稿 (16)
- >SciFinder/Reaxys (12)
- >博后之家 (10)
- >農(nóng)林 (8)
- >教師之家 (7)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2690 | 回復(fù): 7 | |||
yqx1985木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
云中仙
|
[交流]
如何多配體對(duì)接多蛋白？ 已有4人參與
|
|
各位老鳥(niǎo)好，我沒(méi)搞過(guò)分子對(duì)接，可能問(wèn)題對(duì)你們來(lái)說(shuō)會(huì)比較幼稚。 我現(xiàn)在手里有兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，即配體數(shù)據(jù)庫(kù)和受體數(shù)據(jù)庫(kù)，我想知道： 1. 有什么軟件可以對(duì)這兩個(gè)庫(kù)進(jìn)行對(duì)接？ 即依次將配體數(shù)據(jù)庫(kù)中的配體與受體數(shù)據(jù)庫(kù)中的每個(gè)受體進(jìn)行對(duì)接，最好是批處理的形式。 如果不能實(shí)現(xiàn)上面的話，一個(gè)配體與多個(gè)受體對(duì)接也行，不知這樣能實(shí)現(xiàn)不？ 2. 我想要的對(duì)接結(jié)果是在無(wú)水環(huán)境中的，而不是溶液中的，這個(gè)可以實(shí)現(xiàn)不？ 我不太清楚現(xiàn)在的對(duì)接方法是否會(huì)有媒介環(huán)境的限制，不過(guò)我需要的是看配體與受體在無(wú)水環(huán)境下的對(duì)接效果。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
求調(diào)劑材料學(xué)碩080500，總分289分
已經(jīng)有20人回復(fù)
-
070300化學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
085600材料與化工
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
北科281學(xué)碩材料求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
276求調(diào)劑。有半年電池和半年高分子實(shí)習(xí)經(jīng)歷
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
284求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
306求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
070300，一志愿北航320求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0703 調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 如何將sybyl對(duì)接后的蛋白質(zhì)和配體保存成一個(gè)PDB文件
已經(jīng)有8人回復(fù)
- autodock對(duì)接時(shí)蛋白的處理問(wèn)題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- gromacs主頁(yè)的蛋白質(zhì)與配體作用
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 請(qǐng)教如何將下載下來(lái)的蛋白中的小分子配體刪掉？
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)、核酸、抗原、抗體、酶、配體、受體，生長(zhǎng)因子，細(xì)胞因子等等之間的關(guān)系是什么
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 甲胎蛋白適配體
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 分子對(duì)接前，含有配體的復(fù)合蛋白怎么處理？HETATM開(kāi)頭的元素要?jiǎng)h除嗎
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 急問(wèn)，怎么得到蛋白復(fù)合物中的蛋白和配體的結(jié)合界面
已經(jīng)有8人回復(fù)
- ds做對(duì)接后怎么把配體和蛋白一起導(dǎo)出作為一個(gè)復(fù)合物結(jié)構(gòu)
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)和什么化學(xué)基團(tuán)（配體）可以（可逆的）形成共價(jià)鍵
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 用autodock做對(duì)接，box設(shè)置無(wú)法包括受體活性區(qū)域和配體
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 蛋白分子建模 小分子化合物畫(huà)圖 酶與配體的分子模擬
已經(jīng)有11人回復(fù)
- sybyl完成分子對(duì)接后，如何將配體和蛋白一起導(dǎo)出為pdb文件？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 適配體aptamer與蛋白結(jié)合以及與互補(bǔ)鏈結(jié)合作用力哪個(gè)比較大呢？
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 配體與打分分子不能很好對(duì)接，怎么回事？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 做分子對(duì)接前選擇配體和受體時(shí)有什么要求嗎？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】分子對(duì)接后如何計(jì)算配體小分子和受體蛋白質(zhì)相應(yīng)殘基的平面角、面心距、點(diǎn)面距
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】請(qǐng)問(wèn)怎樣除去蛋白質(zhì)復(fù)合物上已經(jīng)結(jié)合上的配體和小分子？
已經(jīng)有7人回復(fù)
2樓2013-07-02 08:49:46
yqx1985
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
云中仙
- 應(yīng)助: 34 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.032
- 金幣: 1608.8
- 散金: 1182
- 紅花: 33
- 帖子: 1544
- 在線: 620.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 550008
- 注冊(cè): 2008-04-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
3樓2013-07-02 09:15:51
lujunyan1118
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 1306.9
- 帖子: 73
- 在線: 20.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 871655
- 注冊(cè): 2009-10-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
★ ★ ★ ★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2013-07-02 18:36:46
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2013-07-02 18:36:46
|
1.最方便的辦法是寫(xiě)個(gè)腳本，自動(dòng)做對(duì)接。這樣的話GOLD，autodock或者dock都可以。如果不想寫(xiě)腳本，DiscoveryStudio可以做，PipelinePilot也可以，不過(guò)要學(xué)起來(lái)估計(jì)比寫(xiě)腳本還麻煩 2.不知道你說(shuō)的無(wú)水是什么含義。你把晶體結(jié)構(gòu)中所有水都刪去就可以了。但是很多對(duì)接的打分函數(shù)中間都隱式考慮了溶劑化效應(yīng)。而且完全無(wú)水真空的情況下蛋白質(zhì)小分子也都不穩(wěn)定啊。 |
4樓2013-07-02 12:06:58
yqx1985
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
云中仙
- 應(yīng)助: 34 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.032
- 金幣: 1608.8
- 散金: 1182
- 紅花: 33
- 帖子: 1544
- 在線: 620.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 550008
- 注冊(cè): 2008-04-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
5樓2013-07-02 12:40:02
勿忘心安2017
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 59.5
- 帖子: 9
- 在線: 2.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 5243380
- 注冊(cè): 2016-11-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 計(jì)算機(jī)軟件
6樓2017-02-19 14:35:23
勿忘心安2017
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 59.5
- 帖子: 9
- 在線: 2.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 5243380
- 注冊(cè): 2016-11-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 計(jì)算機(jī)軟件
7樓2017-02-19 14:35:52
JIANGWENJUN
新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1634.8
- 散金: 426
- 紅花: 1
- 帖子: 523
- 在線: 24.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 4857981
- 注冊(cè): 2016-07-21
- 性別: GG
- 專業(yè): 中醫(yī)骨傷科
★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
|
用過(guò)sybyl做對(duì)接，曾經(jīng)和你一樣想兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)做對(duì)接，后來(lái)發(fā)現(xiàn)sybyl做不出來(lái)，不知道其他能不能。然后一個(gè)對(duì)多個(gè)做出來(lái)了！ 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
8樓2017-02-22 15:11:12
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 yqx1985 的主題更新
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 276求調(diào)劑。有半年電池和半年高分子實(shí)習(xí)經(jīng)歷 +3 | 材料學(xué)257求調(diào)劑 2026-03-23 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 環(huán)境學(xué)碩288求調(diào)劑 +6 | 皮皮皮123456 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +6 | lucky呀呀呀鴨 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +6 | shansx 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 269專碩求調(diào)劑 +6 | 金恩貝 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | 來(lái)好運(yùn)來(lái)來(lái)來(lái) 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 +5 | @taotao 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠(chéng)心求調(diào)劑 +11 | 吃吃吃才有意義 2026-03-19 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +3 | 哇呼哼呼哼 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +3 | Jack?k?y 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 350求調(diào)劑 +5 | weudhdk 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩337求調(diào)劑 +3 | niko- 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交通 專碩 材料355 本科雙非 求調(diào)劑 +5 | 西南交通專材355 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 353求調(diào)劑 +3 | 拉鉤不許變 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑，科研經(jīng)歷豐富 +3 | 牛奶很忙 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國(guó)海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +5 | 1孫悟空 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 本科鄭州大學(xué)物理學(xué)院，一志愿華科070200學(xué)碩，346求調(diào)劑 +4 | 我不是一根蔥 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考博] 26博士申請(qǐng) +3 | 1042136743 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 文思客 2026-03-16 | 7/350 |
|