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yqx1985木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
云中仙
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[交流]
如何多配體對(duì)接多蛋白？ 已有4人參與
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各位老鳥(niǎo)好，我沒(méi)搞過(guò)分子對(duì)接，可能問(wèn)題對(duì)你們來(lái)說(shuō)會(huì)比較幼稚。 我現(xiàn)在手里有兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，即配體數(shù)據(jù)庫(kù)和受體數(shù)據(jù)庫(kù)，我想知道： 1. 有什么軟件可以對(duì)這兩個(gè)庫(kù)進(jìn)行對(duì)接？ 即依次將配體數(shù)據(jù)庫(kù)中的配體與受體數(shù)據(jù)庫(kù)中的每個(gè)受體進(jìn)行對(duì)接，最好是批處理的形式。 如果不能實(shí)現(xiàn)上面的話，一個(gè)配體與多個(gè)受體對(duì)接也行，不知這樣能實(shí)現(xiàn)不？ 2. 我想要的對(duì)接結(jié)果是在無(wú)水環(huán)境中的，而不是溶液中的，這個(gè)可以實(shí)現(xiàn)不？ 我不太清楚現(xiàn)在的對(duì)接方法是否會(huì)有媒介環(huán)境的限制，不過(guò)我需要的是看配體與受體在無(wú)水環(huán)境下的對(duì)接效果。 |
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lujunyan1118
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2013-07-02 18:36:46
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2013-07-02 18:36:46
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1.最方便的辦法是寫(xiě)個(gè)腳本，自動(dòng)做對(duì)接。這樣的話GOLD，autodock或者dock都可以。如果不想寫(xiě)腳本，DiscoveryStudio可以做，PipelinePilot也可以，不過(guò)要學(xué)起來(lái)估計(jì)比寫(xiě)腳本還麻煩 2.不知道你說(shuō)的無(wú)水是什么含義。你把晶體結(jié)構(gòu)中所有水都刪去就可以了。但是很多對(duì)接的打分函數(shù)中間都隱式考慮了溶劑化效應(yīng)。而且完全無(wú)水真空的情況下蛋白質(zhì)小分子也都不穩(wěn)定啊。 |
4樓2013-07-02 12:06:58
2樓2013-07-02 08:49:46
yqx1985
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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3樓2013-07-02 09:15:51
yqx1985
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5樓2013-07-02 12:40:02
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