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杭白菊銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
配體與打分分子不能很好對(duì)接，怎么回事？
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最近在做docking,找到的PDB文件中有兩個(gè)配體，我選了其中一個(gè)(即嵌入到腔里面的一個(gè))，然后進(jìn)行對(duì)接，sphgen程序中，我選擇了RMSD值為6埃，但最后出來(lái)的打分分子與配體完全分開，而且分的很離譜！ 我又拿另外一個(gè)配體做了對(duì)接，方法同上，出來(lái)的打分分子與配體只有半個(gè)苯環(huán)相互吻合！ 另外，我對(duì)rigid.in和dock.in中的flexible_ligand改成no，也不行，結(jié)果還是一樣 附圖（粉色分子為配體，配體附近又散落的黃色小點(diǎn)為sel_sph.pdb文件打開后的小點(diǎn)，受體背后白色的為打分分子）讓幫忙解答者看看，金幣不多，謝謝各位了 |
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2樓2011-08-01 09:13:06
bamboosity 
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+4): 謝謝 2011-08-15 09:19:01
杭白菊(金幣+10): 好建議，謝謝 2011-08-29 19:52:14
ghcacj(金幣+4): 謝謝 2011-08-15 09:19:01
杭白菊(金幣+10): 好建議，謝謝 2011-08-29 19:52:14
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這個(gè)軟件我也沒使用過，但據(jù)平時(shí)的經(jīng)驗(yàn)，我有些建議： 1，就目前文獻(xiàn)報(bào)道來(lái)看，docking盡管打分不太準(zhǔn)，但一般都能正確預(yù)測(cè)小分子構(gòu)象； 2，對(duì)小分子和蛋白質(zhì)的預(yù)處理對(duì)對(duì)接結(jié)果的正確性至關(guān)重要，一般是小分子要求最低能量構(gòu)象，蛋白質(zhì)要加力場(chǎng)，去水分（也可以保留重要的水分子）； 3，也有可能是這個(gè)軟件的參數(shù)未調(diào)好. |
3樓2011-08-14 15:32:40
tjegg
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4樓2011-08-15 06:25:58
5樓2011-08-26 12:03:55
杭白菊
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8樓2011-09-05 18:32:08
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9樓2011-10-07 11:17:17
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