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13581286695銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
Autodock蛋白處理時，保留在蛋白的原配體如何處理？ 已有4人參與
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| Autodock分子對接時，第一步，蛋白準備，蛋白里是否有配體？是否需要提前取出來？新手，求大神指導 �。� |
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2014-05-28 16:29:30, 952.93 K
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135812866959樓2014-05-28 16:31:40
2樓2014-05-27 19:28:02
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4樓2014-05-28 09:22:06
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| 有的蛋白質晶體結構是有小分子配體的，有的是沒有的。對于已知的蛋白的活性位點尋找，一些文獻中可能會有介紹，告訴你那些氨基酸殘基是活性作用的關鍵氨基酸。最好的應該是蛋白中有小分子配體，它所占據(jù)的腔一般就是活性位點腔，我們通常都是這樣處理的，但是也不敢保證你的分子就一定是結合在這個腔內。分子對接嘛，其實就是一種手段而已，目前而言存在的缺陷還是很多的，比如對接的精度準確度等等，因為生物大分子實在是很復雜，生物體就更加復雜了。但是有時候分子對接可以用來解釋一些化合物的活性結果等�？傊�，雖然問題很多，但是也可以作為輔助手段作為參考，聊勝于無~我也是新手，個人理解。 |
5樓2014-05-28 09:39:04
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7樓2014-05-28 14:55:52
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6樓2014-05-28 12:06:16
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8樓2014-05-28 15:48:21
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