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怎樣選擇已知基因的miRNA?
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| 各位前輩，我想設計一條mirna同時讓兩個基因都沉默，是不是要針對兩個基因的同源區(qū)域進行設計？要找兩條序列的同源區(qū)域，是不是用nucleotide blast，然后選擇Align two or more sequences輸入兩天序列比對即可？還有，我用wmd3設計了已知基因的miRNA,可是軟件給了很多結果，如何從眾多結果中挑選較好的mirna序列呢？因為是新手，所以又好的問題，希望各位能幫忙，在此先謝謝啦~~~ |
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blackrose8089
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【答案】應助回帖
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| amiRNA設計是該技術的第一步，也是成功與否的關鍵步驟（Warthmann等，2008）。一個優(yōu)化的amiRNA在序列上通常要滿足以下條件：（1）第1位堿基通常是U；（2）第10位堿基通常是A，這是由RISC復合體中核酸內(nèi)切酶內(nèi)在作用特點決定的（Schwab等，2006）；（3）5′端保持不穩(wěn)定性，即5′端AU含量最好要高一些。研究發(fā)現(xiàn)小RNA 5′端的不穩(wěn)定性是小RNA高效作用的主要原因，同時只有這樣的小干擾RNA才能有效地整合入RISC；（4）第2位與第12位堿基之間最多只能有1個錯配堿基，該錯配堿基不能位于切割位點上，即不要出現(xiàn)在第10和第11位堿基上（Lin等，2009）；（5）在第13位和第21位堿基之間最多只能出現(xiàn)4個錯配堿基，并且不要連續(xù)出現(xiàn)2個或2個以上的錯配堿基（Ameres等，2007；Schwab等，2005）；（6）盡可能在全基因組范圍內(nèi)考慮amiRNA和mRNA的關系，減少amiRNA作用的非特異性；（7）針對外源病毒基因的amiRNA與病毒基因序列可以完全互補配對，能有效提高沉默效應。這些設計原則被總結并公布在網(wǎng)站（http://wmd.weigelworld.org/cgi-bin/mirnatools.pl）上 |
2樓2012-11-16 07:49:39
blackrose8089
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5樓2012-11-19 10:54:30
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