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怎樣選擇已知基因的miRNA?
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| 各位前輩,我想設(shè)計(jì)一條mirna同時(shí)讓兩個(gè)基因都沉默,是不是要針對(duì)兩個(gè)基因的同源區(qū)域進(jìn)行設(shè)計(jì)?要找兩條序列的同源區(qū)域,是不是用nucleotide blast,然后選擇Align two or more sequences輸入兩天序列比對(duì)即可?還有,我用wmd3設(shè)計(jì)了已知基因的miRNA,可是軟件給了很多結(jié)果,如何從眾多結(jié)果中挑選較好的mirna序列呢?因?yàn)槭切率,所以又好的?wèn)題,希望各位能幫忙,在此先謝謝啦~~~ |
鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)
| amiRNA設(shè)計(jì)是該技術(shù)的第一步,也是成功與否的關(guān)鍵步驟(Warthmann等,2008)。一個(gè)優(yōu)化的amiRNA在序列上通常要滿足以下條件:(1)第1位堿基通常是U;(2)第10位堿基通常是A,這是由RISC復(fù)合體中核酸內(nèi)切酶內(nèi)在作用特點(diǎn)決定的(Schwab等,2006);(3)5′端保持不穩(wěn)定性,即5′端AU含量最好要高一些。研究發(fā)現(xiàn)小RNA 5′端的不穩(wěn)定性是小RNA高效作用的主要原因,同時(shí)只有這樣的小干擾RNA才能有效地整合入RISC;(4)第2位與第12位堿基之間最多只能有1個(gè)錯(cuò)配堿基,該錯(cuò)配堿基不能位于切割位點(diǎn)上,即不要出現(xiàn)在第10和第11位堿基上(Lin等,2009);(5)在第13位和第21位堿基之間最多只能出現(xiàn)4個(gè)錯(cuò)配堿基,并且不要連續(xù)出現(xiàn)2個(gè)或2個(gè)以上的錯(cuò)配堿基(Ameres等,2007;Schwab等,2005);(6)盡可能在全基因組范圍內(nèi)考慮amiRNA和mRNA的關(guān)系,減少amiRNA作用的非特異性;(7)針對(duì)外源病毒基因的amiRNA與病毒基因序列可以完全互補(bǔ)配對(duì),能有效提高沉默效應(yīng)。這些設(shè)計(jì)原則被總結(jié)并公布在網(wǎng)站(http://wmd.weigelworld.org/cgi-bin/mirnatools.pl)上 |

鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)

鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)

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