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long429l木蟲 (小有名氣)
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MS軟件有機(jī)分子三維尺寸計(jì)算
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在一篇文獻(xiàn)中看到可以通過Material Studio軟件計(jì)算有機(jī)分子的三維尺寸 但計(jì)算過程寫的不太詳細(xì)，摸索不出來，請教高手指點(diǎn) 如苯分子的三維尺寸為0.341*0. 666*0. 729（單位是納米） 2012-11-17_224314.png [ Last edited by long429l on 2012-11-18 at 18:54 ] |
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long429l: 金幣+5, ★有幫助 2012-11-19 21:52:05
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long429l: 金幣+5, ★有幫助 2012-11-19 21:52:05
| 先通過BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一個P1 晶包，也就是沒有任何對稱性的哪種，然后再晶包里放一個苯分子，構(gòu)建是的參數(shù)設(shè)置，就用默認(rèn)的10埃就好了，然后用DMOL3的最高精度優(yōu)化，再優(yōu)化前要在任務(wù)設(shè)置里面勾選上Optimize cell 選項(xiàng)，就可以開始優(yōu)化了，希望對你有幫助 |
2樓2012-11-19 10:02:50
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4樓2012-11-19 22:39:55
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要查看尺寸，就點(diǎn)擊右鍵，選擇lattice paramiter就可以了，至于怎樣放就隨你了，可以先做出苯分子，再通過上面步驟做個立方框，讓苯分子在里面就行了，也可以先建立方框，不過這時你沒法再畫苯分子了，你需要重新建個xsd文件，畫出苯分子，然后點(diǎn)擊右鍵遠(yuǎn)復(fù)制，然后你再粘貼到立方框里。不過是不是如上圖結(jié)果我不敢保證，你優(yōu)化完以后，再點(diǎn)擊右鍵，選擇顯示方式，display stiles(具體單詞對不對我不清楚，我在火車上，用的手機(jī))，然后選擇CPK選項(xiàng)，然后分子就成胖胖的樣子了，希望對你有幫助。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
5樓2012-11-20 01:02:25
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對了，忘了告訴你，你知道整個分子怎么移動的吧，全部選中分子后，左手同時按住shift鍵，以及shift鍵上面的或下面的鍵，具體是上是下我記不住了，在火車上也沒法操作，你多試幾次，右手再點(diǎn)擊中間的滑落，是移動分子，點(diǎn)擊右鍵是旋轉(zhuǎn)分子，你要是左手不按鍵的話，你移動的是整個屏幕，即苯分子加立方框，這樣就沒法改變他們的相對位置了，你放苯分子時盡量放的對稱吧，放到中間，平行于立方框的某個面我覺得可能更好。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
6樓2012-11-20 01:13:02
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