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zq347597638新蟲 (小有名氣)
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[求助]
求幫忙，做過DGGE的請(qǐng)進(jìn)
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| 我做土壤DNA 后面要做DGGE 但是16s PCR結(jié)果一個(gè)在200bp，一個(gè)1000多bp，老師說200bp的太短了 做DGGE不能說明什么問題，1000多的太長了 DGGE跑不開，求做過的幫忙，DGGE能做多大的片段！ |
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2樓2012-11-22 20:02:22
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhang8826857: 金幣+3, 鼓勵(lì)新蟲 2012-11-22 22:39:26
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhang8826857: 金幣+3, 鼓勵(lì)新蟲 2012-11-22 22:39:26
| 引物對(duì)DGGE的影響很明顯，建議結(jié)合最近Pyresequencing數(shù)據(jù)，重新設(shè)計(jì)擴(kuò)增長度為200-500bp的引物，進(jìn)行試驗(yàn)，不然所作結(jié)果沒有新意 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
zq3475976383樓2012-11-22 20:39:42
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4樓2012-11-23 13:50:06
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5樓2012-11-23 13:50:56
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6樓2012-11-23 22:09:35
zqp9110
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| 我們做環(huán)境樣品的DGGE一般都是針對(duì)16S V3區(qū)片段，加上GC夾子在200bp左右。 |
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7樓2012-11-23 22:30:09
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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之前做過，也是在200bp左右，我記得以前有篇文獻(xiàn)比較的幾種引物，發(fā)給樓主看看有沒有幫助啊 dgge重要.pdf(409.09KB) http://kuai.xunlei.com/d/GMKWDTQDZCOW?p=130497 |
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8樓2012-11-25 13:15:59
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9樓2012-11-25 13:40:46
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10樓2012-11-26 10:12:10
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