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xiangsophie銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
菌種鑒定出現(xiàn)了兩種不同的結(jié)果
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| DNA來源相同，當(dāng)時(shí)怕出問題就多提了一管DNA，做PCR, 目的條帶切膠純化回收，連接，轉(zhuǎn)化，挑克隆子，培養(yǎng)，菌落PCR確定目的條帶后，送出去鑒定，結(jié)果得到兩個(gè)答案，一個(gè)是金黃色葡萄球菌（與其全基因組序列相匹配）但是我的菌的形態(tài)及性質(zhì)和金黃色葡萄球菌是截然不同的，另外一個(gè)顯示是芽孢桿菌屬，親緣關(guān)系最相近的是一株從南極洲分離出來的芽孢桿菌。請(qǐng)問下這是什么原因啊，謝謝。（注：我送了兩家公司測序，測序結(jié)果是一致的） |
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Marado
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xiangsophie: 金幣+20, ★有幫助 2012-11-26 14:29:58
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很明顯你這個(gè)是污染了，我們實(shí)驗(yàn)室做了一年多的菌株鑒定，有真菌也有細(xì)菌，你這個(gè)原因可能出在： 首先，你這個(gè)很明顯是做的16s的菌株鑒定，目的條帶1500bp吧，你PCR的時(shí)候是否做了水對(duì)照，水是否能P出目的條帶，如果對(duì)照沒問題，那么肯定是你之前提取的DNA有污染，也就是說你提取的DNA不是你要測序的那個(gè)菌株，第一步就污染了. 建議你這樣做：重新培養(yǎng)涂平板挑單菌落，保證你要測序的菌株不被污染，其次PCR做好對(duì)照，菌落PCR尤其是菌株鑒定的16s，一點(diǎn)小污染，對(duì)照都可能P出目的條帶的. PS：祝好運(yùn). |
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xiangsophie
2樓2012-11-26 11:24:53
xiangsophie
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