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herarysara

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[求助] lammps計算結(jié)果xyz文件中每個數(shù)字代表的字符長短。

lammps計算結(jié)果xyz文件，想提出文件中的數(shù)據(jù)，用c++的文件指針，可是不知道每個數(shù)據(jù)的字符長短，應(yīng)該怎么確定，求賜教！

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1樓 2012-12-04 19:55:57

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-12-05 08:13:34

1、lammps是開源軟件，你為什么不去看看源程序呢？

2、你為什么不試試用lammps輸出那么一小段xyz格式的結(jié)果，查看一下呢？

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2樓2012-12-04 22:12:40

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引用回帖:

2樓: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-04 22:12:40
1、lammps是開源軟件，你為什么不去看看源程序呢？

2、你為什么不試試用lammps輸出那么一小段xyz格式的結(jié)果，查看一下呢？

謝謝你的回復(fù)，其實我就是想知道他的輸出文件每一行所占的字符數(shù)，單純從文件上看到的字節(jié)數(shù)是不一樣的。

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3樓2012-12-05 09:49:33

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既是從xyz文件中，用fgets命令取走每個坐標(biāo)如fgets(str,20,from)中間的20指每個坐標(biāo)的字符長度，我想知道的就是這個數(shù)字應(yīng)該怎么確定。xyz文件每行對應(yīng)多少個字符。

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4樓2012-12-05 11:47:01

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
herarysara: 金幣+5 2012-12-06 17:07:58
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-12-09 14:59:30

我試了一下得到的xyz中數(shù)據(jù)的格式如下：
ITEM: TIMESTEP
0
ITEM: NUMBER OF ATOMS
10000
ITEM: BOX BOUNDS
0 22.66
0 22.66
0 22.66
ITEM: ATOMS id type xs ys zs
5943 1 0.0583092 0.053962 0.061988
412 1 0.0225291 0.0612129 0.058574
2582 1 0.0497735 0.0260711 0.0323743

這些都是數(shù)據(jù)，不要把它當(dāng)成字符啊，這樣不存在長短了啊，只要輸出用浮點型，保證幾位小數(shù)就行，我寫的小程序供你參考：
struct bankdata
{
int num1;
int num2;
double x;
double y;
double z;
}data[200000],datastation;

struct boxsize_infomation
{

double a;
double b;
}boxsize[3];

void readdata()
{
int i=0;
char line[80];
printf("Reading atoms.xyz.........\n"

;
fgets(line,80,fp1);
fgets(line,80,fp1); sscanf(line,"%d\n",×tep);
fgets(line,80,fp1);
fgets(line,80,fp1); sscanf(line,"%d\n",&atom_tol);
fgets(line,80,fp1);
fgets(line,80,fp1); sscanf(line,"%lf %lf\n",&boxsize[0].a,&boxsize[0].b);
fgets(line,80,fp1); sscanf(line,"%lf %lf\n",&boxsize[1].a,&boxsize[1].b);
fgets(line,80,fp1); sscanf(line,"%lf %lf\n",&boxsize[2].a,&boxsize[2].b);
fgets(line,80,fp1);

printf("step=%d,timestep=%d\n",step,timestep);

while(i {
fgets(line,80,fp1);
sscanf(line,"%d %d %lf %lf %lf\n",&datastation.num1,&datastation.num2,&datastation.x,&datastation.y,&datastation.z);

data.num1=datastation.num1;
data.num2=datastation.num2;
data.x=datastation.x;
data.y=datastation.y;
data.z=datastation.z;
i++;
}
}

void writefile()
{
fprintf(fp,"ITEM: TIMESTEP\n";
fprintf(fp,"%d\n",timestep);
fprintf(fp,"ITEM: NUMBER OF ATOMS\n";
fprintf(fp,"%d\n",atom_tol);
fprintf(fp,"ITEM: BOX BOUNDS\n";
fprintf(fp,"%g %g\n",boxsize[0].a,boxsize[0].b);
fprintf(fp,"%g %g\n",boxsize[1].a,boxsize[1].b);
fprintf(fp,"%g %g\n",boxsize[2].a,boxsize[2].b);
fprintf(fp,"ITEM: ATOMS id type xs ys zs\n";

for (i=0; i {
fprintf(fp,"%d %d %lf %lf %lf \n",data.num1,data.num2,data.x,data.y,data.z);
}
}

這個很詳細(xì)了哦，仔細(xì)看看哦，估計你能看懂，如果不行的話要去補習(xí)C++了。

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5樓2012-12-06 16:38:59

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確實沒咋看懂，我是用文件指針形式逐個讀取xyz文件中的數(shù)據(jù)，因為涉及到軌跡文件幾十萬幀，感覺這樣實現(xiàn)不了。不過還是非常感謝你的回復(fù)。

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6樓2012-12-06 17:07:34

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引用回帖:

6樓: Originally posted by herarysara at 2012-12-06 17:07:34
確實沒咋看懂，我是用文件指針形式逐個讀取xyz文件中的數(shù)據(jù)，因為涉及到軌跡文件幾十萬幀，感覺這樣實現(xiàn)不了。不過還是非常感謝你的回復(fù)。

你看不出來我也是用文件指針形式逐個讀取xyz文件中的數(shù)據(jù)嗎？？？

涉及幾十萬幀加一個循環(huán)即可：
如下：step = timestep/10000；
step=0;
while(step<20)
{
readdata();
mol=atom_tol/atom_per;
writefile();
}

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7樓2012-12-07 09:56:01

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引用回帖:

7樓: Originally posted by jiangtao9571 at 2012-12-07 09:56:01
你看不出來我也是用文件指針形式逐個讀取xyz文件中的數(shù)據(jù)嗎？？？

涉及幾十萬幀加一個循環(huán)即可：
如下：step = timestep/10000；
step=0;
while(step<20)
{
readdata();
mol=atom_tol/ato ...

你上面的程序，是有指定選取80個字符嗎？如果是，我就是想知道讀取這個字符長度該怎樣確定。

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8樓2012-12-07 16:54:34

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不知道你的問題解決了沒？
xyz文件內(nèi)，主要就是存儲的是原子的坐標(biāo)信息吧？
如果把xyz軌跡文件導(dǎo)入到VMD，使用命令：
set sel [atomselect top "the atoms you need"]
$sel get {x y z}
就可以讀取出你所需要的原子的坐標(biāo)了
如果只需x坐標(biāo)，就寫成 $sel get {x }
即可
這比自己寫那么長的程序簡單多了，樓主不妨試試

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9樓2012-12-08 10:25:32

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引用回帖:

9樓: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-08 10:25:32
不知道你的問題解決了沒？
xyz文件內(nèi)，主要就是存儲的是原子的坐標(biāo)信息吧？
如果把xyz軌跡文件導(dǎo)入到VMD，使用命令：
set sel
$sel get {x y z}
就可以讀取出你所需要的原子的坐標(biāo)了
如果只需x坐標(biāo)，就寫成 ...

謝謝你的回復(fù)，我不是要單純得到某個原子的坐標(biāo)數(shù)字，我是想以字符串的的形式讀取。

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10樓2012-12-09 10:56:50

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