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026li金蟲(chóng) (小有名氣)
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擴(kuò)散動(dòng)力學(xué)模擬，total simulation time 等設(shè)置 已有3人參與
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在做多孔材料吸附小分子擴(kuò)散時(shí)遇到設(shè)置問(wèn)題： 1.total simulation time：一般設(shè)置多少？文獻(xiàn)里200ps，1ps time step；為什么在分析里MDS曲線(xiàn)只能畫(huà)出兩個(gè)點(diǎn)？比如設(shè)置200ps，文獻(xiàn)有說(shuō)前100ps用來(lái)平衡的，后100ps不準(zhǔn)，那總的時(shí)間設(shè)置多少比較合適。 2.系綜選擇，文獻(xiàn)里有用NVE的，但是也有說(shuō)先用NVT平衡，在用NVE計(jì)算的，這是為什么？ 3.文獻(xiàn)里有繪制出擴(kuò)散路徑的，MS里有這個(gè)功能嗎？就是軌跡全部都記錄下來(lái)的，從一個(gè)孔擴(kuò)散到另一個(gè)孔的過(guò)程。historyfile save every xxsteps這個(gè)選項(xiàng)在哪里設(shè)置的？ 吸附等溫線(xiàn)的問(wèn)題： 1.在MS里adsorption isotherm 里沒(méi)有發(fā)現(xiàn)length simulation totally的設(shè)置，一般文獻(xiàn)里寫(xiě)900萬(wàn)步，configuration of system was record every xxstep。first300萬(wàn)步用來(lái)平衡。這些都是如何找到的？MS里只有maximum loading steps；equilibration steps；production steps；return trajectory；return lowest energy frams選項(xiàng)。這些在模擬是代表什么？需要設(shè)置多少步合理？ 2.sample interval 設(shè)置25，就是描繪了25個(gè)吸附點(diǎn)嗎？ |
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謝謝你的幫助，我的其他問(wèn)題，你有好的意見(jiàn)嗎？ 3樓2012-12-07 08:49:29
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