版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進(jìn)行手機(jī)號驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時熱門版塊排行榜

北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

返回列表

Bessel

木蟲 (正式寫手)

模擬EPI: 2
應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
金幣: 1506.5
散金: 4755
紅花: 8
帖子: 609
在線: 234.1小時
蟲號: 370174
注冊: 2007-05-13
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵交流 2012-12-10 08:14:06

引用回帖:

10樓: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-09 16:14:20
樓上所言甚是！

如果我沒有理解錯的話，樓主是想模擬氯化鈉晶體的融化吧？

如果是這樣的話，你的模型貌似有問題，
create_atoms 1 random 106 16 regbox units box
這個命令建立的原子位置是隨機(jī)的 ...

對啊，樓主是要模擬 NaCl 融化過程，random構(gòu)型就算能量最小化之后，結(jié)果也肯定不對。

如果真的是打算做NaCl，最好是自己做一個data文件。給樓主介紹一個軟件

http://www.moltemplate.org/

examples里有一個單個NaCl的構(gòu)型tl文件，用這個軟件可以生成復(fù)雜的體系的data文件。

贊一下

回復(fù)此樓

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

WJ-MS

11樓2012-12-10 03:22:02

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

WJ-MS

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 1559.2
散金: 100
帖子: 194
在線: 92.5小時
蟲號: 1697144
注冊: 2012-03-17
性別: MM
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

送鮮花一朵

引用回帖:

10樓: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-09 23:14:20
樓上所言甚是！

如果我沒有理解錯的話，樓主是想模擬氯化鈉晶體的融化吧？

如果是這樣的話，你的模型貌似有問題，
create_atoms 1 random 106 16 regbox units box
這個命令建立的原子位置是隨機(jī)的 ...

我想模擬計算氯化鈉熔體的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)，文獻(xiàn)里面是說，初始位置隨機(jī)分布就好了，我就嘗試了一下這樣構(gòu)建體系。你覺得應(yīng)該怎么構(gòu)建體系呢？

贊一下

回復(fù)此樓

加油！

12樓2012-12-10 08:50:04

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

WJ-MS

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 1559.2
散金: 100
帖子: 194
在線: 92.5小時
蟲號: 1697144
注冊: 2012-03-17
性別: MM
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

送鮮花一朵

引用回帖:

11樓: Originally posted by Bessel at 2012-12-10 03:22:02
對啊，樓主是要模擬 NaCl 融化過程，random構(gòu)型就算能量最小化之后，結(jié)果也肯定不對。

如果真的是打算做NaCl，最好是自己做一個data文件。給樓主介紹一個軟件

http://www.moltemplate.org/

examples里有一 ...

我想要模擬計算熔融氯化鈉的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)，計算它的徑向分布函數(shù)、均方位移什么的……你看這種情況我應(yīng)該怎么建模呢？

贊一下

回復(fù)此樓

加油！

13樓2012-12-10 08:51:32

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

Bessel

木蟲 (正式寫手)

模擬EPI: 2
應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
金幣: 1506.5
散金: 4755
紅花: 8
帖子: 609
在線: 234.1小時
蟲號: 370174
注冊: 2007-05-13
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

13樓: Originally posted by WJ-MS at 2012-12-10 01:51:32
我想要模擬計算熔融氯化鈉的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)，計算它的徑向分布函數(shù)、均方位移什么的……你看這種情況我應(yīng)該怎么建模呢？...

沒做過這方面的問題，不敢瞎說。

贊一下

回復(fù)此樓

14樓2012-12-10 15:06:09

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

WJ-MS

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 1559.2
散金: 100
帖子: 194
在線: 92.5小時
蟲號: 1697144
注冊: 2012-03-17
性別: MM
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

引用回帖:

14樓: Originally posted by Bessel at 2012-12-10 15:06:09
沒做過這方面的問題，不敢瞎說。...

我在上次那個in文件里面加了一個minimize命令，但是運(yùn)行計算好像沒有反應(yīng)啊，你能不能幫我看看呢

# 3d NaCl melt

units metal
dimension 3
boundary  p p p
atom_style charge

region    regbox block 0 18.8 0 18.8 0 18.8 units box
create_box    2 regbox
create_atoms 1 random 106 16 regbox units box
create_atoms 2 random 106 16 regbox units box
mass 1 23.0
mass    2 35.5
set type 1 charge 1.0
set type 2 charge -1.0

pair_style born/coul/long 10.0 8.0
pair_coeff 1 1 0.2640625 0.317 2.340 1.05 0.5
pair_coeff 1 2 0.21125 0.317 2.755 7 8.6875
pair_coeff 2 2 0.1584375 0.317 3.170 72.5 145.625
kspace_style ewald 1.0e-4

neighbor 0.1 bin
neigh_modify every 5 delay 0 check no
timestep 0.005
minimize 1.0e-4 1.0e-4 100 1000

compute       1 all msd
velocity all create 1073.0 87287 dist gaussian

run             0

thermo          5000
thermo_style    custom step etotal temp c_1[4]

thermo_modify flush yes

dump          1 all custom 100000 dump.* id type x y z
dump          2 all cfg 100000 a*.cfg id type xs ys zs
dump_modify 1 element Na1 Cl2

fix             2 all npt temp 1073 1073 4 aniso 0 0 4
run             500000

unfix          2
fix             2 all nvt temp 1073 1073 0.1 drag 0.2
run             500000

贊一下

回復(fù)此樓

加油！

15樓2012-12-12 11:14:26

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

Bessel

木蟲 (正式寫手)

模擬EPI: 2
應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
金幣: 1506.5
散金: 4755
紅花: 8
帖子: 609
在線: 234.1小時
蟲號: 370174
注冊: 2007-05-13
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2013-01-19 23:14:47

引用回帖:

15樓: Originally posted by WJ-MS at 2012-12-12 05:14:26
我在上次那個in文件里面加了一個minimize命令，但是運(yùn)行計算好像沒有反應(yīng)啊，你能不能幫我看看呢

# 3d NaCl melt

units metal
dimension 3
boundary p p p
atom_style charge

region regbox blo ...

有反應(yīng)啊，不過minimization之后能量反倒更大了，唉，我也沒做過帶電系統(tǒng)的，不敢瞎評論。

Setting up minimization ...
Memory usage per processor = 8.75168 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
   0          0    3283.825          0    3283.825 1841942.5
   1          0 2201.9244          0 2201.9244 1191267.3
   2          0 1.1420382e+28          0 1.1420382e+28 7.3432144e+30
Loop time of 0.0345552 on 1 procs for 2 steps with 212 atoms

Minimization stats:
  Stopping criterion = linesearch alpha is zero
  Energy initial, next-to-last, final =
      3283.82497763    2201.92444207  1.14203823754e+28
  Force two-norm initial, final = 20954.6 2.00103e+32
  Force max component initial, final = 11759.7 1.14428e+32
  Final line search alpha, max atom move = 2.10676e-16 2.41072e+16
  Iterations, force evaluations = 2 40

贊一下

回復(fù)此樓

16樓2012-12-12 15:36:20

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

WJ-MS

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 1559.2
散金: 100
帖子: 194
在線: 92.5小時
蟲號: 1697144
注冊: 2012-03-17
性別: MM
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

引用回帖:

16樓: Originally posted by Bessel at 2012-12-12 15:36:20
有反應(yīng)啊，不過minimization之后能量反倒更大了，唉，我也沒做過帶電系統(tǒng)的，不敢瞎評論。

Setting up minimization ...
Memory usage per processor = 8.75168 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press ...

我電腦上完全沒有反應(yīng)啊，一直停留在這個狀態(tài)，怎么回事啊，真心郁悶啊
Setting up minimization ...
Memory usage per processor = 9.03804 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
0 0 nan 0 nan nan

贊一下

回復(fù)此樓

加油！

17樓2012-12-13 08:51:06

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

WJ-MS

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 1559.2
散金: 100
帖子: 194
在線: 92.5小時
蟲號: 1697144
注冊: 2012-03-17
性別: MM
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

送鮮花一朵

引用回帖:

樓主有沒有用過moltemplate軟件啊，我按照manual上面設(shè)置環(huán)境變量，但是不行啊，也不知道怎么回事，我的用戶名是root，我應(yīng)該把moltemplate文件夾放到哪里啊

贊一下

回復(fù)此樓

加油！

18樓2013-01-19 14:51:37

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

Bessel

木蟲 (正式寫手)

模擬EPI: 2
應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
金幣: 1506.5
散金: 4755
紅花: 8
帖子: 609
在線: 234.1小時
蟲號: 370174
注冊: 2007-05-13
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

★ ★
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2013-01-19 23:15:03

引用回帖:

18樓: Originally posted by WJ-MS at 2013-01-19 08:51:37
樓主有沒有用過moltemplate軟件啊，我按照manual上面設(shè)置環(huán)境變量，但是不行啊，也不知道怎么回事，我的用戶名是root，我應(yīng)該把moltemplate文件夾放到哪里啊...

你用Linux系統(tǒng)直接用root賬號？root敢死隊(duì)，不怕把系統(tǒng)玩死。

root的bash文件和普通用戶的不一樣，manual是按照普通用戶寫的，你回到普通用戶再弄一遍。

贊一下

回復(fù)此樓

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

WJ-MS

19樓2013-01-19 19:19:09

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

WJ-MS

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 1559.2
散金: 100
帖子: 194
在線: 92.5小時
蟲號: 1697144
注冊: 2012-03-17
性別: MM
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

送鮮花一朵

引用回帖:

19樓: Originally posted by Bessel at 2013-01-19 19:19:09

你用Linux系統(tǒng)直接用root賬號？root敢死隊(duì)，不怕把系統(tǒng)玩死。

root的bash文件和普通用戶的不一樣，manual是按照普通用戶寫的，你回到普通用戶再弄一遍。...

唉，不懂Linux啊，別人幫我裝的，就用了root賬號了……怎么換成普通賬號啊？換成普通賬號后，我root賬號里的東西是不是就沒有了��？

贊一下

回復(fù)此樓

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

Bessel

加油！

20樓2013-01-20 12:47:38

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 WJ-MS 的主題更新

返回列表

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 324求調(diào)劑 +7	hanamiko 2026-03-26	9/450	2026-03-27 06:54 by 無際的草原
[考研] 317求調(diào)劑 +7	蛋黃咸肉粽 2026-03-26	7/350	2026-03-27 02:29 by fmesaito
[考研] 求調(diào)劑一志愿本科北科大化學(xué) 343 +6	13831862839 2026-03-24	7/350	2026-03-26 22:57 by 不吃魚的貓
[考研] 學(xué)碩274求調(diào)劑 +3	Li李魚 2026-03-26	3/150	2026-03-26 18:32 by 提出方法的提出?/a>
[考研] 289求調(diào)劑 +17	碩星赴 2026-03-23	17/850	2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 資源與環(huán)境調(diào)劑申請(333分) +9	holy J 2026-03-21	9/450	2026-03-26 15:47 by 161765490
[考研] 281求調(diào)劑 +6	Koxui 2026-03-24	7/350	2026-03-26 15:37 by 無際的草原
[考研] 0856求調(diào)劑 +8	zhn03 2026-03-25	9/450	2026-03-26 13:42 by zzll406
[考研] 085600 材料與化工 329分求調(diào)劑 +9	Mr. Z 2026-03-25	9/450	2026-03-26 10:36 by baoball
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5	jj涌77 2026-03-25	6/300	2026-03-25 14:15 by mapenggao
[考研] 求調(diào)劑 +3	李李不服輸 2026-03-25	3/150	2026-03-25 13:03 by cmz0325
[考研] 307求調(diào)劑 +5	超級伊昂大王 2026-03-24	5/250	2026-03-24 15:46 by 星空星月
[考研] 一志愿華東理工大學(xué)081700，初試分?jǐn)?shù)271 +5	kotoko_ik 2026-03-23	6/300	2026-03-24 10:29 by 學(xué)術(shù)搬磚er
[考研] 335求調(diào)劑 +4	yuyu宇 2026-03-23	5/250	2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 生物學(xué)調(diào)劑 +5	Surekei 2026-03-21	5/250	2026-03-22 14:39 by tcx007
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)071000，求調(diào)劑 +4	沿岸有貝殼6 2026-03-21	4/200	2026-03-22 07:21 by ilovexiaobin
[考研] 求調(diào)劑 +4	要好好無聊 2026-03-21	4/200	2026-03-21 18:57 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 336求調(diào)劑 +5	rmc8866 2026-03-21	5/250	2026-03-21 17:24 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 332求調(diào)劑 +3	鳳凰院丁真 2026-03-20	3/150	2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 一志愿西安交通大學(xué) 學(xué)碩 354求調(diào)劑211或者雙一流 +3	我想要讀研究生 2026-03-20	3/150	2026-03-20 20:13 by JourneyLucky