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竹影靜亭

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[求助] 引物設(shè)計

我要做染料法熒光定量，但是我用Primer設(shè)計，退貨溫度都很低，得分高的退貨溫度只有49度，只有一個溫度上50的，但是與模版有錯配，這應(yīng)該怎么弄啊，剛學設(shè)計引物，請各位給予知道！先將基因序列上傳，

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2012-12-09 19:54:19, 1.48 K

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1樓 2012-12-09 19:54:30

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cicelyzh

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
竹影靜亭: 金幣+10, ★有幫助 2012-12-12 16:55:55

不知道你想具體設(shè)計成什么樣，你分析一下這一對看。擴增片段為218bp。
Forward: TACCCATCACGGACGACAATAC
Reverse: GGTCTTGACTATCCGCCATTTC

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2樓2012-12-10 03:10:25

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引用回帖:

2樓: Originally posted by cicelyzh at 2012-12-10 03:10:25
不知道你想具體設(shè)計成什么樣，你分析一下這一對看。擴增片段為218bp。
Forward: TACCCATCACGGACGACAATAC
Reverse: GGTCTTGACTATCCGCCATTTC

請問你是用什么軟件找到的這對引物

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3樓2012-12-12 16:29:08

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cicelyzh

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3樓: Originally posted by 竹影靜亭 at 2012-12-12 16:29:08
請問你是用什么軟件找到的這對引物...

我直接用的online program “primer 3”（http://frodo.wi.mit.edu/）。再稍微修改一下參數(shù)。

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4樓2012-12-13 08:08:28

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cory0931

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December 23, 2012
Produced by Primer Premier, PREMIER Biosoft International, Tel: 650.856.2703, Fax: 650.843.1250, www.PremierBiosoft.com
Primer Analysis Report Page: 1
Sequence: NewSequence
(Sense primer) 5' CGCTGTTCTCCTTGCTTA 3'
3' (143) GCGACAAGAGGAACGAAT (160) 5'
(Anti-sense primer) 5' GTCGTCCGTGATGGGTAT 3'
3' (724) CAGCAGGCACTACCCATA (707) 5'
Properties:
Rating
100
100
100
Seq No
143
724
--
Length
18
18
582
Tm
[ ° C]
51.8
52.7
87.5
GC%
50.0
55.6
44.8
G
[kcals/mol]
-34.5
-34.3
--
Activity
[  g/OD]
36.2
32.6
--
Degeneracy
1
1
--
Ta Opt
[ ° C]
--
--
51.8
Sense
Anti-sense
Product
Secondary structures of sense primer:
No hairpins found
No dimers found
No false priming sites found
Secondary structures of anti-sense primer:
No hairpins found
No dimers found
No false priming sites found
Secondary structures of primer pair:
No Cross Dimers Found

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錘之千古

5樓2012-12-23 17:37:15

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cory0931

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引用回帖:

5樓: Originally posted by cory0931 at 2012-12-23 17:37:15
December 23, 2012
Produced by Primer Premier, PREMIER Biosoft International, Tel: 650.856.2703, Fax: 650.843.1250, www.PremierBiosoft.com
Primer Analysis Report Page: 1
Sequence: NewSequence
(Sen ...

Primer5設(shè)計
上傳兩張得分為100的引物資料：
1 CGCTGTTCTCCTTGCTTA
GTCGTCCGTGATGGGTAT
產(chǎn)物長度582bp；
2 CGCTGTTCTCCTTGCTTA
CTTCTACTGCTGTTGTGGC
產(chǎn)物長度1362bp;
具體參數(shù)見附圖；

100 No-1.JPG

100 No-2.JPG

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錘之千古

6樓2012-12-23 17:45:21

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墨竹韻

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引用回帖:

6樓: Originally posted by cory0931 at 2012-12-23 17:45:21
Primer5設(shè)計
上傳兩張得分為100的引物資料：
1 CGCTGTTCTCCTTGCTTA
GTCGTCCGTGATGGGTAT
產(chǎn)物長度582bp；
2 CGCTGTTCTCCTTGCTTA
CTTCTACTGCTGTTGTGGC
產(chǎn)物長度1362bp;
具體參數(shù)見附圖；

100 No-1.J ...

想問這種報告是從哪里導(dǎo)出來的呀

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7樓2021-12-28 20:31:27

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