wei_suzhen

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[求助] 基因序列比對(duì) 內(nèi)含子比對(duì)

剛克隆測(cè)序完黑曲霉中的一個(gè)基因，在NCBI上blast后，它只與黑曲霉基因組和我的基因的mRNA比對(duì)，不與我的目的基因比對(duì)；導(dǎo)師想讓我用一個(gè)軟件來(lái)比對(duì)下我克隆基因的內(nèi)含子序列是否正確？現(xiàn)在不知道用什么軟件來(lái)比對(duì)基因的內(nèi)含子？
親們，你們一般用什么軟件來(lái)比對(duì)你克隆的基因序列除了用ncbi blast外?

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1樓 2012-12-23 09:57:47

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ghqiu2005

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1. 你的問(wèn)題交代不夠明確：“它只與黑曲霉基因組和我的基因的mRNA比對(duì)，不與我的目的基因比對(duì)”，這是什么意思？
2. 什么基因有內(nèi)含子和外顯子？

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2樓2012-12-24 12:42:09

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wei_suzhen

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2樓: Originally posted by ghqiu2005 at 2012-12-24 12:42:09
1. 你的問(wèn)題交代不夠明確：“它只與黑曲霉基因組和我的基因的mRNA比對(duì)，不與我的目的基因比對(duì)”，這是什么意思？
2. 什么基因有內(nèi)含子和外顯子？

它是黑曲霉的一個(gè)內(nèi)源基因，blast時(shí)，它和我基因的mRNA比對(duì)，這樣我測(cè)序的基因的內(nèi)含子就無(wú)法比對(duì)了。想問(wèn)問(wèn)有沒(méi)有比對(duì)內(nèi)含子的軟件？

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3樓2012-12-25 08:43:52

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ccharlien

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【答案】應(yīng)助回帖

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不清楚你這個(gè)物種有沒(méi)有全基因測(cè)序，你Blast的時(shí)候把對(duì)象由mRNA改成Genome試試看

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4樓2012-12-25 09:09:48

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3樓: Originally posted by wei_suzhen at 2012-12-25 08:43:52
它是黑曲霉的一個(gè)內(nèi)源基因，blast時(shí)，它和我基因的mRNA比對(duì)，這樣我測(cè)序的基因的內(nèi)含子就無(wú)法比對(duì)了。想問(wèn)問(wèn)有沒(méi)有比對(duì)內(nèi)含子的軟件？...

1. 原核生物是沒(méi)有內(nèi)含子、外顯子之區(qū)別的；
2. 內(nèi)源基因是和外源基因?qū)?yīng)的；
3. NCBI blast 基本上是最好的。

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5樓2012-12-25 12:38:31

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5樓: Originally posted by ghqiu2005 at 2012-12-25 12:38:31
1. 原核生物是沒(méi)有內(nèi)含子、外顯子之區(qū)別的；
2. 內(nèi)源基因是和外源基因?qū)?yīng)的；
3. NCBI blast 基本上是最好的。...

我是真核基因，黑曲霉基因

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6樓2012-12-25 18:14:17

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6樓: Originally posted by wei_suzhen at 2012-12-25 18:14:17
我是真核基因，黑曲霉基因...

搞錯(cuò)了，以為是原核的，呵。。。

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7樓2012-12-25 19:44:26

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8樓2012-12-25 21:06:07

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8樓: Originally posted by 大-木-蟲(chóng) at 2012-12-25 21:06:07
你可以用比對(duì)軟件進(jìn)行但是很多軟件有的位置是比對(duì)不上的需要手動(dòng)進(jìn)行修改

哦，謝謝

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9樓2012-12-26 10:40:36

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