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如何快速 找到所有膜蛋白
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wanhscn
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【答案】應(yīng)助回帖
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西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 差點(diǎn)漏了，補(bǔ)上！ 2011-10-28 15:33:07
西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 差點(diǎn)漏了，補(bǔ)上！ 2011-10-28 15:33:07
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? ... tein/YP_001422669.1 ???? binding-protein-dependent transport system inner membrane protein OpuCD [Bacillus amyloliquefaciens FZB42].???hypothetical?????????????????????????????????conceptual translation?? [ Last edited by wanhscn on 2011-10-25 at 21:35 ] |
9樓2011-10-25 21:28:46
wanhscn
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【答案】應(yīng)助回帖
★
西瓜(金幣+1): good 2011-10-25 17:55:28
西瓜(金幣+1): good 2011-10-25 17:55:28
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http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923 如果你會(huì)用這個(gè)，應(yīng)該有所幫助了！ |
2樓2011-10-25 10:57:19
bubble1220
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3樓2011-10-25 12:32:13
4樓2011-10-25 14:48:18
wanhscn
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5樓2011-10-25 14:53:37
6樓2011-10-25 14:56:22
★ ★ ★ ★
西瓜(金幣+2): 很認(rèn)真學(xué)習(xí)，獎(jiǎng)勵(lì)下~ 2011-10-25 17:56:33
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謝謝你給我金幣，感激涕零ing 。 你說(shuō)的這些方法 有道理。指明了我做下一步的方法，謝謝！ 我現(xiàn)在是要找著 基因組中 是，或者可能是膜蛋白的 所有蛋白。希望能有一個(gè)方法快速檢索出來(lái)。 如下面鏈接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/prot ... iquefaciens%20FZB42，我搜了一下，有175個(gè)結(jié)果。不知這個(gè)方法可不可靠。不知可否從這175個(gè)結(jié)果中找到所有的膜蛋白。點(diǎn)開(kāi)結(jié)果的第一個(gè)，是這樣的信息： FEATURES Location/Qualifiers source 1..360 /organism="Bacillus amyloliquefaciens FZB42" /strain="FZB42" /db_xref="taxon:326423" Protein 1..360 /product="hypothetical membrane protein" Region 28..354 /region_name="yhhT" /note="Predicted permease, member of the PurR regulon [General function prediction only]; COG0628" /db_xref="CDD:30973" Region 40..342 /region_name="UPF0118" /note="Domain of unknown function DUF20; cl00465" /db_xref="CDD:186015" CDS 1..360 /locus_tag="RBAM_021860" /coded_by="CP000560.1:2269585..2270667" /transl_table=11 我不知道 為什么有兩個(gè)Region。不是一個(gè)蛋白嗎? 怎么出來(lái)兩個(gè)地方了？而且兩個(gè)的note 也不一樣，困惑中。 |
7樓2011-10-25 15:45:58
wanhscn
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【答案】應(yīng)助回帖
Sofia1004(金幣+7): 非常感謝！ 2011-10-28 08:37:34
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通過(guò)比對(duì)預(yù)測(cè)它是膜蛋白 hypothetical （假定的 有可能的）membrane protein [Bacillus amyloliquefaciens FZB42] 因此有兩個(gè)可能的結(jié)構(gòu)域也很正常 第一個(gè)是 從aa 28到aa354 預(yù)測(cè)為Predicted permease, member of the PurR regulon 參考序列為 CDD:30973 第二個(gè)可能 從aa 40到aa 342 預(yù)測(cè)為 Domain of unknown function DUF20 參考序列為 CDD:186015 沒(méi)有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，只有預(yù)測(cè)。 由于很多信息的價(jià)值以及可靠性存在差異，生物信息學(xué)很多研究以及序列需要一個(gè)一個(gè)看，那些批量性的程序還是值得商榷的。 |
8樓2011-10-25 21:21:32
cy0708040
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