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[求助]
如何快速 找到所有膜蛋白
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| 我的老板 讓我 把 解淀粉芽孢桿菌 的所有膜蛋白找到，我在NCBI 上一看，解淀粉芽孢桿菌的基因組 有391萬bp啊，一個一個的看是不是膜蛋白 得弄到猴年馬月啊，求高人指點 怎么高效的篩選出 所有的膜蛋白��？ |
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wanhscn
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【答案】應(yīng)助回帖
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西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 差點漏了，補上！ 2011-10-28 15:33:07
西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 差點漏了，補上！ 2011-10-28 15:33:07
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? ... tein/YP_001422669.1 ???? binding-protein-dependent transport system inner membrane protein OpuCD [Bacillus amyloliquefaciens FZB42].???hypothetical?????????????????????????????????conceptual translation?? [ Last edited by wanhscn on 2011-10-25 at 21:35 ] |
9樓2011-10-25 21:28:46
wanhscn
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【答案】應(yīng)助回帖
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西瓜(金幣+1): good 2011-10-25 17:55:28
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http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923 如果你會用這個，應(yīng)該有所幫助了！ |
2樓2011-10-25 10:57:19
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3樓2011-10-25 12:32:13
4樓2011-10-25 14:48:18
wanhscn
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5樓2011-10-25 14:53:37
6樓2011-10-25 14:56:22
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西瓜(金幣+2): 很認真學(xué)習(xí)，獎勵下~ 2011-10-25 17:56:33
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謝謝你給我金幣，感激涕零ing 。 你說的這些方法 有道理。指明了我做下一步的方法，謝謝！ 我現(xiàn)在是要找著 基因組中 是，或者可能是膜蛋白的 所有蛋白。希望能有一個方法快速檢索出來。 如下面鏈接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/prot ... iquefaciens%20FZB42，我搜了一下，有175個結(jié)果。不知這個方法可不可靠。不知可否從這175個結(jié)果中找到所有的膜蛋白。點開結(jié)果的第一個，是這樣的信息： FEATURES Location/Qualifiers source 1..360 /organism="Bacillus amyloliquefaciens FZB42" /strain="FZB42" /db_xref="taxon:326423" Protein 1..360 /product="hypothetical membrane protein" Region 28..354 /region_name="yhhT" /note="Predicted permease, member of the PurR regulon [General function prediction only]; COG0628" /db_xref="CDD:30973" Region 40..342 /region_name="UPF0118" /note="Domain of unknown function DUF20; cl00465" /db_xref="CDD:186015" CDS 1..360 /locus_tag="RBAM_021860" /coded_by="CP000560.1:2269585..2270667" /transl_table=11 我不知道 為什么有兩個Region。不是一個蛋白嗎? 怎么出來兩個地方了？而且兩個的note 也不一樣，困惑中。 |
7樓2011-10-25 15:45:58
wanhscn
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【答案】應(yīng)助回帖
Sofia1004(金幣+7): 非常感謝！ 2011-10-28 08:37:34
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通過比對預(yù)測它是膜蛋白 hypothetical （假定的 有可能的）membrane protein [Bacillus amyloliquefaciens FZB42] 因此有兩個可能的結(jié)構(gòu)域也很正常 第一個是 從aa 28到aa354 預(yù)測為Predicted permease, member of the PurR regulon 參考序列為 CDD:30973 第二個可能 從aa 40到aa 342 預(yù)測為 Domain of unknown function DUF20 參考序列為 CDD:186015 沒有實驗驗證，只有預(yù)測。 由于很多信息的價值以及可靠性存在差異，生物信息學(xué)很多研究以及序列需要一個一個看，那些批量性的程序還是值得商榷的。 |
8樓2011-10-25 21:21:32
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