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animbiotech銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
有多態(tài)性的基因型命名法
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各位戰(zhàn)友：我們最近用PCR-SSCP對(duì)某個(gè)基因的不同區(qū)域進(jìn)行多態(tài)性分析，然后對(duì)發(fā)現(xiàn)多態(tài)性的區(qū)域測(cè)序。對(duì)發(fā)現(xiàn)多態(tài)性的位點(diǎn)，我們用AA、AB、BB表示野生型、雜合型和突變純合型。 最近，我們投出去的文章收到了審稿人的意見：The most of my concern is due to the RESULTS section.Particularly, the nomenclature of genotypes and alleles in the text, figures and tables is confusing and should be changed. If the nucleotide substitutions were identified by sequencing, nucleotide symbols should be used for description of polymorphisms e.g. A/C, C/T. There is no reason to introduce new misleading symbols such as AA, BB. 他的意識(shí)我清楚：即如果DNA序列分析發(fā)現(xiàn)了變異的核苷酸，應(yīng)該用核苷酸來(lái)命名基因型，如A變異為C（A/C）應(yīng)該用AA、AC、CC來(lái)表示野生型、雜合型和突變純合型，而不應(yīng)該用AA、AB、BB這種表示方法。 我現(xiàn)在有個(gè)疑問(wèn)：如果在一對(duì)PCR引物的擴(kuò)增區(qū)域只發(fā)現(xiàn)了一個(gè)堿基變異，用上述命名法是沒有問(wèn)題的；可是如果在同一個(gè)擴(kuò)增區(qū)域發(fā)現(xiàn)了多個(gè)堿基變異該如何命名呢？ 例如：我們?cè)谟靡粚?duì)PCR引物進(jìn)行某個(gè)基因的外顯子進(jìn)行擴(kuò)增，SSCP分析后有3種基因型，DNA測(cè)序后發(fā)現(xiàn)共發(fā)現(xiàn)了4個(gè)堿基變異：c.1062 T>C，c.1083 G>A，c.1226 A>C，c.1233 C>T。 請(qǐng)問(wèn)這3種基因型該如何命名？ 未標(biāo)題-1 拷貝.jpg |
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【答案】應(yīng)助回帖
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將不同帶型的送去測(cè)序，獲得真實(shí)的基因序列及其變異，有一個(gè)專門的網(wǎng)站命名基因型，不好意思，忘了 在西北農(nóng)林大學(xué)陳宏教授的一個(gè)博士生發(fā)了篇small ruminants research雜志上，某篇文章就詳細(xì)了命名了，自己google查陳教授的簡(jiǎn)歷中的文章看看，是在不好意思，具體的信息就這么多了 |
6樓2013-01-08 09:26:55
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